질문자분의 질문의 요지는 1) 재해근로자가 근로복지공단에 연락을 취하여 산재신청을 할 경우 사용자가 그 과정에서 할 수 있는 것들2) 산재승인시 질문자분께 발생될 불이익두 가지를 여쭤보신 것 같습니다. 

1) 우선 단시간 근로자도 산재보험 보호대상이 되는 근로자에 해당합니다. 근로자측 산재 신청이 접수되면 공단 담당자가 산재신청에 대해 통지하고 이에 대한 의견서를 요구하게 됩니다. (산재보험법 시행규칙 제 20조 제 2항)질문자분은 이에 대한 의견을 작성해주실 수 있습니다. 

2) 산재가 승인되더라도 보험료율 산정(고용보험 및 산업재해보상보험의 보험료징수 등에 관한 법률 제 15조 제 2항)에 있어 산업재해보상보험법 제 37조 제 1항 제 2호에 따른 "업무상 질병"에 대하여 지급이 결정된 보험급여액은 포함되지 않습니다. (고용보험 및 산업재해보상보험의 보험료징수 등에 고나한 법률 시행령 제 17조 제 3항 제 3호) 즉, 산재승인이 되더라도 산재보험 가입자가 납부할 보험료의 인상 우려는 없습니다. 이상의 답변이 도움이 되셨다면 좋겠습니다.