안녕하세요. 회사 업무 과정에서 개발한 기술을 대표이사 개인 명의로 특허등록하신 후 회사로부터 사용료를 받으실 계획이라 세금 문제가 걱정되시는 것으로 보입니다. 이러한 구조는 직무발명과 부당행위계산부인, 소득 구분 등 여러 쟁점이 얽혀 있으므로 항목별로 설명해 드리겠습니다. 먼저 '직무발명 여부와 귀속 문제'를 짚어볼 필요가 있습니다. ① 발명진흥법상 임직원이 업무 범위에 속하는 발명을 한 경우 이를 '직무발명'이라 하며, 법인이 정관이나 근무규정 등으로 직무발명에 대한 권리를 미리 승계하도록 정해두었다면 원칙적으로 그 특허를 받을 권리는 법인에 귀속되는 것이 타당합니다. ② 만약 대표이사가 이러한 직무발명임에도 개인 명의로 출원·등록했다면, 실질적으로 법인에 귀속되어야 할 무형자산을 개인이 가져간 것으로 보아 과세관청이 문제 삼을 소지가 있습니다. ③ 특히 특허 개발에 회사의 인력·설비·연구비 등이 투입되었다면 이 점이 더욱 뚜렷하게 부각될 수 있습니다. 다음으로 '부당행위계산부인 및 상여 처분 위험'을 고려하셔야 합니다. ① 법인세법 제52조의 부당행위계산부인 규정에 따르면, 특수관계인인 대표이사에게 부당하게 높은 사용료를 지급하거나 법인의 자산에 해당하는 발명을 개인에게 귀속시켜 우회적으로 이익을 분여한 것으로 판단되면, 과세관청은 이를 부인하고 정상가액을 기준으로 법인소득을 재계산할 수 있습니다. ② 이 경우 부당하게 지급된 사용료 상당액은 대표이사에 대한 상여로 소득처분되어 근로소득세가 추가로 부과될 수 있고, 법인은 손금불산입되어 법인세 부담도 늘어날 수 있습니다. ③ 반대로 정당한 절차(직무발명보상금 지급, 정관상 권리 승계 규정 정비 등)를 거쳤다면 이러한 위험을 줄일 수 있습니다. 또한 '사용료 소득의 구분과 부가가치세'도 검토가 필요합니다. ① 개인이 특허권을 계속·반복적으로 대여하고 사용료를 받는 경우 사업소득으로, 일시적·우발적으로 발생하면 기타소득으로 구분되며, 소득 구분에 따라 필요경비 인정 범위와 원천징수 세율이 달라집니다. ② 특허권 사용료는 부가가치세 과세대상 용역에 해당할 수 있어, 사용료 규모나 계속성에 따라 사업자등록 및 부가가치세 신고 의무가 발생할 수도 있습니다. 따라서 대응 방법으로는, ① 해당 발명이 정관이나 근무규정상 직무발명 승계 대상에 해당하는지 먼저 확인하시고, ② 개인 명의로 유지하시려면 정당한 대가를 지급받고 정상적인 직무발명보상 절차를 거쳤다는 근거자료를 갖추시며, ③ 회사에서 지급할 사용료가 정상가격 범위 내인지 유사 특허의 시세 등을 참고해 산정하시고, ④ 소득 구분(사업소득/기타소득)에 따른 신고 의무와 부가가치세 이슈를 사전에 점검하시는 것이 좋습니다. 정리하면, 업무상 발명을 대표이사 개인 명의로 등록하고 회사로부터 사용료를 받는 구조는 부당행위계산부인, 상여 소득처분, 소득 구분 등 여러 세무 리스크가 있어 사전 정비가 필요합니다. 정확한 것은 세무사와 상담하시길 권해드립니다.