임금은 전액을 지급하는 것이 원칙이라 회사가 일방적으로 다른 채권과 상계하는 것은 원칙적으로 금지됩니다. 다만 계산 착오 등으로 임금이 더 지급된 경우에는 판례가 정한 요건을 갖추면 상계할 수 있고, 근로자의 자유로운 의사에 따른 동의를 받아 상계할 수도 있습니다. 퇴사한 직원에게는 더 받은 금액의 반환을 청구할 수 있습니다. 근로기준법 제43조 제1항은 임금은 통화로 직접 근로자에게 그 전액을 지급하여야 한다고 정합니다. 대법원 1993. 12. 28. 선고 93다38529 판결은 계산의 착오 등으로 임금이 초과 지급되었을 때, 상계 시기가 초과 지급 시기와 임금의 정산·조정이라는 실질을 잃지 않을 만큼 합리적으로 밀접하고 금액과 방법이 미리 예고되는 등 근로자의 경제생활 안정을 해칠 염려가 없는 경우에는 초과 지급된 임금의 반환청구권으로 상계할 수 있다고 판단했습니다. 같은 판결은 근로자가 퇴직한 뒤 재직 중 지급되지 않은 임금이나 퇴직금을 청구하는 경우에도 이 반환청구권으로 상계할 수 있다고 보았습니다. 또 대법원 2001. 10. 23. 선고 2001다25184 판결은 사용자가 근로자의 동의를 얻어 상계하는 경우 그 동의가 근로자의 자유로운 의사에 터 잡은 것이라고 인정할 합리적인 이유가 객관적으로 있으면 전액 지급 원칙에 위반되지 않지만, 그 판단은 엄격하고 신중하게 해야 한다고 보았습니다. 퇴사자에 대해서는 민법 제741조가 법률상 원인 없이 타인의 재산으로 이익을 얻고 타인에게 손해를 가한 자는 그 이익을 반환하여야 한다고 정합니다. 민사소송법 제462조는 금전 지급을 목적으로 하는 청구에 대하여 법원이 채권자의 신청에 따라 지급명령을 할 수 있다고 정하고, 제472조 제2항은 채무자가 적법한 이의신청을 하면 지급명령을 신청한 때에 소가 제기된 것으로 본다고 정합니다. 질문에 대입하면, 재직 중인 직원에게는 초과 지급 사실과 공제할 금액, 공제 시기와 방법을 미리 알리고 생활 안정을 해치지 않도록 분할하는 방식이라면 위 판례에 따라 다음 급여에서 공제할 수 있습니다. 직원이 공제에 동의한다면 동의서를 받되, 그 동의가 자유로운 의사로 이루어졌다는 점이 드러나야 합니다. 퇴사한 직원에게 아직 지급하지 않은 임금이나 퇴직금이 있다면 그 청구에 대해 초과 지급분을 상계할 수 있습니다. 퇴사한 직원이 반환에 응하지 않으면 부당이득 반환을 청구할 수 있고, 지급명령을 신청하거나 소송을 할 수 있습니다. 이의신청이 있으면 지급명령 신청 때 소가 제기된 것으로 보고 소송으로 진행됩니다. 급여대장, 지급 내역, 성과급 지급 기준, 초과 지급 경위를 정리하고, 직원에게 알린 내용과 날짜를 기록으로 남겨 두세요. 구체적인 사안은 노무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.