비영리 장학재단 설립인가를 받아 장학재단에 재산을 출연하면 출연되는 재산에 대하여 증여세, 취득세, 재산세등이 부과 되는지요? 그 밖에 비영리 장학재단이 내는 세금은 어떤 것이 있는지요?
장학재단이 출연받은 재산은 원칙적으로 증여세 과세가액에 넣지 않으므로 증여세가 부과되지 않습니다. 취득세와 재산세는 장학사업에 직접 쓰는 부동산이면 면제되고, 장학금을 마련하기 위한 임대용 부동산은 일부 경감됩니다. 다만 출연받은 뒤 정해진 용도대로 쓰지 않으면 세금이 다시 부과되고, 수익사업에서 생긴 소득에는 법인세가 과세됩니다.
공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률 제2조는 장학금 지급 등을 목적으로 하는 재단법인을 공익법인으로 정합니다. 상속세 및 증여세법 제16조 제1항은 종교·자선·학술 관련 사업 등 대통령령으로 정하는 사업을 하는 자를 공익법인등으로 정하고, 제48조 제1항은 공익법인등이 출연받은 재산의 가액을 증여세 과세가액에 산입하지 않되 내국법인 주식은 일정 비율을 넘는 부분을 산입합니다. 이 비율은 제16조 제2항 제2호에 따라 원칙적으로 100분의 10이고, 의결권을 행사하지 않으며 자선·장학 등을 목적으로 하는 요건을 갖추면 100분의 20입니다. 제48조 제2항은 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 외에 쓰거나 3년 이내에 직접 공익목적사업에 쓰지 않는 경우, 운용소득을 직접 공익목적사업 외에 쓰는 경우 등에 즉시 증여세를 부과합니다.
지방세특례제한법 제45조 제2항은 공익법인법에 따라 설립된 장학법인이 장학사업에 직접 사용하려고 취득하는 부동산의 취득세와 직접 사용하는 부동산의 재산세를 면제하고, 장학금 지급 목적의 임대용 부동산은 각각 100분의 80을 경감하며, 그 기한을 2027년 12월 31일까지로 정합니다. 법인세법 제4조 제1항과 제3항은 비영리내국법인의 각 사업연도 소득을 이자소득, 배당소득 등 수익사업에서 생기는 소득으로 한정합니다. 제29조는 고유목적사업에 쓰기 위한 준비금을 손금에 넣을 수 있게 하고, 지출액의 100분의 50 이상을 장학금으로 쓰는 공익법인은 그 밖의 수익사업 소득의 100분의 80까지 인정합니다.
출연 단계에서 증여세 부담이 없더라도, 감면받아 취득한 부동산을 정당한 사유 없이 1년이 지나도록 장학사업에 쓰지 않거나 직접 사용한 기간이 2년이 되기 전에 팔면 지방세특례제한법 제45조 제3항에 따라 감면된 취득세가 추징됩니다. 출연자와 그 특수관계인이 대통령령으로 정하는 공익법인등의 이사 5분의 1을 넘게 되면 상속세 및 증여세법 제48조 제8항에 따라 가산세가 붙습니다. 같은 법 제50조의3은 공익법인등이 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 재무제표 등 결산서류를 국세청 인터넷 홈페이지에 공시하도록 정합니다.
출연하려는 재산이 상속으로 받은 것이라면, 같은 법 제16조 제1항에 따라 상속세 신고기한까지 공익법인등에 출연한 재산은 상속세 과세가액에 넣지 않습니다. 출연받은 재산의 사용계획과 진도는 제48조 제5항에 따라 관할 세무서장에게 보고해야 하므로, 장학금 지급 내역과 재산 운용 기록을 빠짐없이 남겨 두세요.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
