임대료를 내지 못한 기간의 연체이자는 계약서에 약정이 있으면 원칙적으로 부담해야 합니다. 임차인이 '보증금에서 빼라'고 말한 것만으로 연체 책임이 사라지지는 않지만, 2009년 1월분부터 월 130만원을 보증금에서 공제하기로 서로 합의했다면 그 부분은 합의대로 정산해야 합니다. 건물주가 세금계산서를 발행했다는 사실만으로 보증금 공제 합의가 있었다고 보기는 어렵습니다. 민법 제618조는 임차인이 목적물을 사용·수익하는 대가로 차임을 지급하기로 약정하는 것이 임대차라고 정합니다. 제397조 제1항은 금전채무 불이행의 손해배상액은 법정이율에 의하되 법령의 제한에 위반하지 않은 약정이율이 있으면 그 이율에 의한다고 정합니다. 제398조는 손해배상의 예정액이 부당히 과다하면 법원이 적당히 감액할 수 있고, 위약금의 약정은 손해배상액의 예정으로 추정한다고 정합니다. 상가건물 임대차보호법 제10조의8은 차임연체액이 3기의 차임액에 달하면 임대인이 계약을 해지할 수 있다고 하며, 같은 법 제2조 제3항에 따라 보증금 액수와 관계없이 적용됩니다. 부가가치세법 제32조 제1항은 사업자가 용역을 공급하면 세금계산서를 발급하도록 하고, 같은 법 시행령 제29조 제1항은 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속 공급하는 경우 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 공급시기로 봅니다. 1번, 건물주의 청구액에는 원금 외에 연체이자가 들어 있습니다. 원금은 2007년 12월분부터 2008년 12월분까지는 계약 금액으로, 2009년 1월분부터는 합의한 금액으로 다시 계산해 보시고, 이자는 계약서의 약정이율과 기간을 확인해 맞춰 보세요. 연체이자 약정이 손해배상액의 예정에 해당하고 그 액수가 부당히 과다하다면 제398조 제2항에 따라 감액을 구할 수 있습니다. 2번, 임차인이 일방적으로 공제를 요구했다는 것만으로 매달 차임을 지급하기로 한 약정이 바뀌지는 않습니다. 다만 공제하기로 합의된 달은 연체로 보기 어렵습니다. 3번, 임대료처럼 계속 공급하는 용역의 세금계산서는 대가를 받기로 한 때를 기준으로 발급되므로, 실제로 돈을 받았거나 보증금 공제에 합의했다는 증거라고 하기는 어렵습니다. 오히려 세금계산서의 금액이 계약상 월세에 부가세를 더한 금액과 같다면, 원래 계약 금액이 그대로 유지되었다는 자료로 쓰일 수도 있습니다. 밀린 금액이 보증금 3,000만원에 가까워지면 돌려받을 보증금이 거의 남지 않고, 이미 3기 이상 밀린 상태여서 건물주가 계약을 해지할 수 있는 상황입니다. 2009년 1월부터의 공제 합의는 전화로만 이루어졌으므로 통화 녹음, 문자, 부동산 중개사무소에 점포를 내놓은 기록처럼 합의를 뒷받침하는 자료를 모아 두세요. 내용증명에는 계산 근거를 적어 서면으로 답변해 두고, 정산 금액이 정해지면 남은 보증금 처리 방법까지 문서로 남기세요. 구체적인 사안은 변호사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.