세무서 안내대로 양도소득세를 신고하지 않았다면 가산세를 취소받을 수 있나요?

Q

본인은 집사람 명의로 2001년 4월 25일 관할 ○○구청에 임대사업자로 등록하였고 이듬해 관할 ○○세무서에 2002년 10월 29일 사업자등록을 하였습니다. 사업자 등록 당시 공동주택 ① 인천 계양(15평)/임대일2001.4.10. ② 인천 계양(10평)/임대일 2001.6.16. ③ 인천 계양(16평)/임대일 2001.4.2. ④ 인천 계양(16평)/임대일 2001.3.22. ⑤ 경기 수원 권선(16평)/임대일1996.3.12. 을 임대사업에 등록하였고 별도로 사업에 등록하지 않고 임대한 분양받은 공동주택 (1) 경기 o남 분o(27평)/취득일 1996.2.26. 매도일 2003.5.30.과 실거주한 공동주택 (2) 인o 부o(32평)/취득일 1998.12.6.매도일 2003.5.13.을 소유하고 있었습니다. 위 공동주택을 보유하고 있던 중 2003년4월 경 개인 사정으로 인하여 실거주한 (2)인o 부o ○○아파트(이하 "○○아파트")와 임대사업으로 등록하지 않은 (1)경기 성o 분o ○○아파트(이하 "분당아파트")를 매매하고자 관할 ○○ 세무서 민원실을 방문하였습니다. 방문 목적은 일반적인 "1가구 3주택 이상’인 경우에 대해서 양도소득세 납부에 대해서 상식적인 내용에 대해서 조금은 알고는 있지만 본인과 같은 경우 주택 임대사업으로 등록된 주택이 주택수 포함 유무에 정확히 아는 바 없어 본인이 "1가구 3주택 이상’인지 아니면 "1가구 2주택’인지에 대해서 정확히 몰라서 위에 제시한 내용을 근거로 담당 공무원에게 문의한 바 본인은 "1가구 2주택’이므로 먼저 매매한 주택은 과세 대상이고 후에 매매한 주택은 비과세 대상이라고 답변을 받았습니다. 그리고 좀 더 구체적인 내용을 좀 더 알고 싶으면 주변 세무사를 방문하여 상담을 받으라는 조언까지 받았습니다. (※ 임대사업자등록 당시 담당 공무원 양도소득세 및 기타 국세에 대해서 교육을 받은 적이 없고, 단지 관할구청에서 제시한 내용정도만 알고 있습니다) 그래서 담당공무원의 조언대로 주변 세무사를 방문하였습니다. 이에 이 세무사(유료 상담만 받음) 역시 담당공무원이 제시한 내용과 같은 답변을 받았습니다. 이런 답변을 근거로 본인은 먼저 실거주한 "○○아파트’를 매매하였고 이후 임대한 "분당 아파’를 매매하였습니다. 매매 후 2003년 7월 14일에 양도소득세 자진신고를 위해 관할 ○○ 세무서를 방문하여 다시 담당공무원에게 위에 문의한 내용을 다시 재 문의하니 똑같은 답변이 었습니다. 그래서 먼저 매매한 "○○아파트’에 대해서 자진 신고하였고 후에 매매한 "분당아파 트’는 비과세 대상이라 신고하지 않았습니다. 그런데 2007년 4월 26일자로 관할 ○○세무서 에서 위 "분당아파트’에 대한 "양도소득세 기한후신고 안내문’이라는 우편물을 받았습니다. 그래서 당시 담당공무원 ○○○씨 전화 통화 후 방문하였습니다. 방문시 요청한 준비서류를 가지고 갔는데 서류란 당시 매매시점에 임대사업으로 등록된 주택에 대한 "전세 계약서’였습니다. 이 서류를 제출하면서 ○○○씨에게 "우리는 주택임대사업자 임으로 후에 매매한 주택은 비과세 대상 아니냐?” 라고 문의하니 제출한 서류를 검토 후 이상이 없으면 이것으로 "종결’한다고 하였습니다. 그 후 1년 가까이 아무런 연락이 없어서 본인은 비과세로 종결된 것으로 알고 있었 습니다. 그러다 최근 2008년 4월 초 관할 ○○세무서로 부터 또 위 "분당아파트’에 대한 "부동산 양도에 대한 소명안내’를 받았습니다. 그래서 담당공무원 ○○○씨에게 문의하니 "전 담당 공무원이 완결하지 않아서 본인에게 넘어왔다.” 라고 합니다. 그래서 본인(○○○)이 다시 검토 하여 이상이 있다고 판단하여 통보한 것이라고 합니다. 이에 본인은 다시 재방문 하여 담당 공무원 ○○○씨에게 주택임대사업에 대해 문의하니 자세히 알지 못하였습니다. 그래서 담당 공무원 ○○○씨가 하는 말이 "좀 더 자료를 알아 본 후 답변하겠다.” 라고 하였습니다. 이렇게 일이 진행되면서 본인 나름대로 국세청에 문의하여 보니 세법이 그렇게 복잡한 것은 아니었습니다. 법에는 처음부터 주택임대사업자나 집을 3채 이상을 보유하고 있으면 구분 없이 무조건 "1가구 3주택자’라고 합니다. 단지 중간에 생긴「조세특례제한법」 제97조 ① 국민주택 이하 규모 ② 1986.1.1~2000.12.31 기간 중 신축된 주택이거나 1985.12.31 이전에 신축된 공동주택으로서 1986.1.1. 현재 입주된 사실이 없는 주택 ③ 2000.12.31. 이전에 5호 이상 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 주택 위 조항에 해당되지 않으면 본인 외에도 모든 주택임대사업자들은 1가구 3주택자 이상이라는 것과 2004년 새로 개정된 중과세 부분에서 소득세법 시행령 제167조의 3 제1항 제2호 규정에 의하여 양도소득세 중과세율의 적용이 배제되는 장기임대주택은 2003.10.29 이전에 국민 주택규모(전용면적 25.7평 이하) 5주택 이상을 임대주택법 제6조 규정에 의하여 지방자치단체 (시청, 군청, 구청)에 임대사업자 등록을 한 거주자가 임대하는 주택으로서 소득세법 제168조 규정에 의하여 2004.06.30 이전에 관할세무서에 사업자등록한 경우로서 5년이상 임대한 경우 및 2003.10.30. 이후에 사업자등록 및 임대사업자 등록을 하고 같은 시(특별시, 광역시 포함), 군에서 5호 이상의 국민주택을 10년 이상 임대한 당해 임대주택은 양도소득세의 중과세율이 적용 되지 않습니다. 다만, 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택의 양도 당시 3억원을 초과하는 장기임대주택은 중과세율이 적용되는 것입니다. 또한, 소득세법 시행령 제167조의 3 제1항 제10호의 규정에 의하여 상기 내용에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 당해 주택(일반주택)은 중과세율이 적용되지 아니하는 것입니다. (비과세가 되는 것이 아님) 이에 해당될시 중과세 부과에서 제외된다는 것 외에는 법이 바뀐 것이 없다고 합니다. 다시 말해서 위 조건으로 주택임대사업자로 등록될 시 중과세에서 제외된다는 것입니다. <질의> 이와 같이 주택임대사업에 대해서 세무사 및 관할 ○○세무서 담당공무원들 역시 제대로 알지 못하고 있는데 본인과 같이 일반인이 세법에 대해서 어느 정도 알고 있을까요? 더군다나 세금을 자진 신고하러 간 사람에게 "비과세라 신고 안하여도 된다.” 라고 말을 하였다면 이에 대한 책임은 관할 ○○세무서에서 책임이 있다고 봅니다. 따라서 현재 이로 인하여 발생된 추가 가산세만큼은(현재 양도소득세 및 불성실 신고에 따른 가산세, 기간에 따른 가산세가 청구된 상태입니다) 본인에게 부과시키는 것은 잘못이라고 판단됩니다. 이 가산세에 대해서 취소할 수 있는지 알고 싶습니다. 또한 본인에게 유료 상담한 세무사를 상대로 손해배상 청구를 할 수 있는 지 알고 싶습니다.

A
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세무공무원과 세무사의 잘못된 안내를 믿었다는 사정은 가산세를 부과하지 않을 정당한 사유로 주장해 볼 수 있습니다. 다만 본래 내야 할 양도소득세 자체는 이 규정으로 면제되지 않고, 창구 안내만으로 정당한 사유가 인정될지는 증거에 달려 있습니다. 유료로 상담한 세무사에게는 과실이 인정되면 손해배상을 청구할 여지가 있습니다. 국세기본법 제48조 제1항 제2호는 납세자가 의무를 이행하지 않은 데 정당한 사유가 있으면 해당 가산세를 부과하지 않는다고 정합니다. 같은 법 시행령 제28조 제1항 제1호는 세법해석에 관한 질의·회신 등에 따라 신고·납부했는데 이후 다른 과세처분을 하는 경우도 부과하지 않는 사유로 두고, 같은 조 제2항은 감면 신청서에 의무를 이행할 수 없었던 사유를 적어 내게 합니다. 제48조 제1항에 해당하면 해당 가산세를 아예 부과하지 않으므로, 기한 후 신고 시기에 따라 일부만 줄여 주는 같은 조 제2항의 감면보다 효과가 큽니다. 제15조는 세무공무원도 직무를 수행할 때 신의에 따라 성실하게 해야 한다고 정합니다. 질문자는 매매 전과 자진신고하러 간 날 세무서에서 같은 답을 들었고, 세무사에게서도 같은 답을 받았습니다. 방문 날짜, 응대한 공무원, 상담 내용을 보여 줄 메모와 상담료 영수증을 모아 감면 신청서에 첨부하세요. 신청서에는 신고하지 않은 이유가 비과세라는 안내였다는 점과 같은 안내를 세 차례 받았다는 점을 구체적으로 적으세요. 담당 공무원이 바뀌는 사이에 종결한다고 했다가 다시 소명안내가 온 경위도 날짜순으로 정리해 두면 좋습니다. 정식 질의·회신 문서가 아니라 창구 안내였다면 시행령 제28조 제1항 제1호보다는 정당한 사유로 다투게 될 가능성이 큽니다. 과세예고통지를 받았다면 제81조의15에 따라 받은 날부터 30일 이내에 과세전적부심사를 청구할 수 있고, 고지된 뒤에는 제61조에 따라 처분이 있음을 안 날부터 90일 이내에 심사청구를 할 수 있습니다. 세무사법 제16조의2는 세무사가 직무 수행 중 고의나 과실로 위임인에게 손해를 입힌 경우에 대비해 보험 가입 등 조치를 하도록 하고, 민법 제390조는 채무의 내용에 좇은 이행을 하지 않으면 손해배상을 청구할 수 있게 합니다. 세무사에게 임대 등록 주택과 보유 주택 현황을 빠짐없이 알렸는지, 그 답이 당시 세법상 잘못이었는지가 핵심입니다. 본래 내야 할 세금은 안내와 관계없이 부담할 몫이므로, 다툼의 중심은 가산세처럼 잘못된 안내로 늘어난 부분이 될 것입니다. 상담 때 보여 준 서류 목록이 남아 있다면 함께 보관하세요. 국세기본법 제18조 제2항은 납세의무가 성립한 거래에 그 뒤의 새로운 세법을 소급 적용하지 않도록 하므로, 주택 수 계산과 비과세 여부는 양도 당시 법령을 기준으로 따져 보셔야 합니다. 세무서에서 받은 안내문과 소명 요구서도 모두 보관해 두세요. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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