퇴사하면서 회사가 개발하던 원본 파일을 지운 행위는 계약 위반이나 불법행위를 이유로 손해배상을 청구할 수 있는 사유가 될 수 있고, 형사상 전자기록 손괴나 업무방해도 문제될 수 있습니다. 다만 비밀유지계약서의 배상 조항이 이번 일에 그대로 적용되는지는 조항 내용을 봐야 하고, 실제로 입은 손해를 증명하는 것이 청구의 중심이 됩니다. 민법 제390조는 채무자가 채무의 내용에 좇은 이행을 하지 않으면 손해배상을 청구할 수 있게 하고, 제750조는 고의 또는 과실로 인한 위법행위로 타인에게 손해를 가한 자에게 배상책임을 지웁니다. 제393조에 따라 배상 범위는 통상의 손해가 원칙이고, 특별한 사정으로 인한 손해는 상대방이 그 사정을 알았거나 알 수 있었을 때에만 배상합니다. 형법 제366조는 타인의 전자기록등 특수매체기록을 손괴하거나 은닉하여 효용을 해한 자를 3년 이하의 징역 또는 700만원 이하의 벌금에 처하고, 제314조 제2항은 전자기록등을 손괴하여 사람의 업무를 방해한 자를 5년 이하의 징역 또는 1천500만원 이하의 벌금에 처합니다. 직원이 자신이 만들었다고 주장하더라도, 저작권법 제2조 제31호는 법인등의 기획하에 그 업무에 종사하는 자가 업무상 작성하는 저작물을 업무상저작물로 정하고, 제9조는 법인등의 명의로 공표되는 업무상저작물의 저작자를 계약이나 근무규칙에 다른 정함이 없으면 그 법인등으로 하면서 컴퓨터프로그램은 공표되지 않아도 된다고 정합니다. 회사의 기획에 따라 업무로 만든 웹사이트 파일이라면 직원 개인의 것이라고 보기 어렵습니다. 형사 책임을 묻는 경우에도 회사 소유의 파일을 고의로 지웠다는 점과, 그 때문에 회사의 개발 업무가 실제로 늦어지거나 막혔다는 점을 보여 주는 자료가 필요합니다. 비밀유지계약서의 배상 조항은 비밀 누설을 중심으로 정한 경우가 많아, 파일 삭제까지 포함하는지 문구를 확인해야 합니다. 또 근로기준법 제20조는 사용자가 근로계약 불이행에 대한 위약금이나 손해배상액을 예정하는 계약을 체결하지 못하게 하므로, 계약서에 일정 금액을 미리 정해 두었다면 그 금액을 그대로 청구하기는 어려울 수 있습니다. 반대로 금액을 정하지 않고 손해를 배상한다고만 적은 조항이라면 이 조항과 부딪칠 여지가 적습니다. 어느 경우든 실제 손해는 위 민법 규정에 따라 청구할 수 있고, 제750조의 불법행위 책임은 계약 조항이 없어도 물을 수 있으므로, 파일 복구 비용, 다시 만드는 데 든 인건비, 납기가 늦어져 생긴 손해를 자료로 정리하세요. 삭제 시점과 접속 기록, 남아 있는 백업, 퇴사 무렵 주고받은 메시지를 보존하고, 복구가 가능한지 먼저 확인하세요. 파일이 복구되면 손해 액수가 줄어들 수 있으므로 복구에 든 비용과 기간도 기록해 두는 것이 좋습니다. 형사 고소를 함께 할지는 민사 청구와 함께 검토하세요. 구체적인 사안은 변호사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.