공동상속 빌라 지분이 있으면 내 아파트 팔 때 양도세가 나오나요?

공동상속받은 빌라 지분을 동생에게 넘기지 않아도, 상속 전부터 가지고 계시던 서울 아파트를 팔 때 1세대1주택 비과세를 받을 수 있도록 소득세법 시행령에 특례가 마련되어 있습니다. 상속포기는 정해진 기간이 이미 지나 지금은 할 수 없고, 지분을 증여하면 동생에게 증여세가 생길 수 있으므로 특례 요건부터 확인하시는 것이 먼저입니다. 소득세법 제89조 제1항 제3호는 1세대1주택 등의 양도소득에 양도소득세를 과세하지 않되, 양도 당시 실지거래가액이 12억원을 넘는 고가주택은 제외한다고 정합니다. 소득세법 시행령 제154조 제1항은 보유기간 2년 이상(취득 당시 조정대상지역에 있던 주택은 그 기간 중 거주 2년 이상)을 요건으로 듭니다. 시행령 제155조 제2항은 상속받은 주택과 상속개시 당시 보유한 일반주택을 1개씩 가진 1세대가 일반주택을 양도하면 1주택만 가진 것으로 보아 비과세 규정을 적용합니다. 같은 조 제3항은 공동상속주택 외의 다른 주택을 양도할 때 공동상속주택을 그 사람의 주택으로 보지 않되, 상속지분이 가장 큰 상속인은 예외로 하고, 그런 상속인이 2명 이상이면 그 주택에 거주하는 사람, 다음으로 최연장자가 소유한 것으로 본다고 정합니다. 같은 조 제19항은 협의분할 등기를 하지 않았으면 민법 제1009조에 따른 법정상속분대로 소유한 것으로 봅니다. 질문자의 아파트는 2002년에 사서 2004년 상속개시 당시 이미 보유하던 주택이므로 일반주택에 해당합니다. 빌라는 아직 등기하지 않았으므로 세 분이 3분의 1씩 가진 것으로 보고, 지분이 같으므로 빌라에 사는 상속인이 있으면 그 사람, 없으면 최연장자가 빌라를 소유한 것으로 봅니다. 질문자가 그 사람이 아니라면 빌라는 질문자의 주택 수에서 빠지고, 그 사람이라도 제2항에 따라 아파트를 팔 때 1주택으로 봅니다. 따라서 세대 전체에 다른 주택이 없고 아파트가 보유기간 요건을 갖추었다면 지분을 정리하지 않아도 비과세 대상이 됩니다. 다만 매매가가 12억원을 넘으면 소득세법 제95조 제3항에 따라 대통령령으로 정하는 방식으로 계산한 양도차익에는 세금이 붙습니다. 상속포기는 민법 제1019조 제1항에 따라 상속개시 있음을 안 날부터 3개월 안에, 제1041조에 따라 가정법원에 신고해야 하므로 2004년 상속에 대해서는 할 수 없습니다. 지분을 동생에게 무상으로 넘기면 상속세 및 증여세법 제4조 제1항에 따라 동생이 증여세 과세대상이 됩니다. 또 시행령 제155조 제19항 단서는 아파트를 판 뒤 국세 부과 제척기간 안에 빌라를 협의분할해 등기하면서 특례를 적용받지 못하게 된 사람은 등기일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 추가 세액을 신고·납부하도록 정하므로, 분할 등기를 할 계획이라면 순서를 미리 정해 두세요. 세대원의 주택 보유 현황과 아파트 취득·거주 기록을 정리해 양도 전에 비과세 해당 여부를 확인하세요. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.