대표이사가 업무와 관계없이 법인 자금을 가져가 이자 없이 두면, 법인은 시가 이자를 받은 것으로 보아 소득이 늘어나고, 그 금액은 대표이사의 상여로 처분되어 소득세 부담이 생길 수 있습니다. 법인에 차입금이 있으면 이자비용 일부가 손금으로 인정되지 않는 문제도 함께 생깁니다. 법인세법 제52조 제1항은 특수관계인과의 거래로 법인의 조세 부담을 부당하게 줄인 경우 그 계산과 관계없이 소득금액을 계산하도록 정합니다. 법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호는 금전을 무상 또는 시가보다 낮은 이율로 대부한 경우를 그 유형으로 들고, 같은 조 제3항은 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5 이상인 경우에 적용한다고 정합니다. 이자를 전혀 받지 않았다면 차액이 시가 이자 전액이어서 이 기준을 넘습니다. 시행령 제89조 제3항은 이때 재정경제부령으로 정하는 가중평균차입이자율을 시가로 하되, 정해진 경우에는 당좌대출이자율을 시가로 합니다. 법인이 신고와 함께 당좌대출이자율을 선택하면 그 사업연도와 이후 2개 사업연도는 그 이자율을 적용합니다(같은 항 제2호). 같은 조 제5항은 시가와의 차액을 익금에 산입하도록 합니다. 대표님은 법인의 특수관계인이고 이자를 정하지 않았으므로, 1억 원에 시가 이자율을 적용한 금액이 법인 소득에 더해질 수 있습니다. 시행령 제106조 제1항 제1호 나목은 익금에 산입한 금액이 사외로 유출되어 귀속자가 임원이면 상여로 처분하도록 하므로, 그 금액은 대표님의 근로소득으로 과세될 수 있습니다. 법인세법 제28조 제1항 제4호 나목은 특수관계인에게 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등이 있으면 법인이 지급한 차입금 이자 중 일정 금액을 손금에 넣지 않도록 정하고, 시행령 제53조 제2항은 그 금액을 지급이자에 가지급금 등의 적수가 총차입금 적수에서 차지하는 비율을 곱해 계산하도록 정합니다. 또 제19조의2 제2항 제2호에 따라 이런 가지급금은 나중에 회수하지 못해도 대손금으로 손금에 산입할 수 없습니다. 시행령 제11조 제9호는 특수관계가 소멸되는 날까지 회수하지 않은 가지급금과 그 이자, 이자를 이자발생일이 속하는 사업연도 종료일부터 1년이 되는 날까지 회수하지 않은 경우의 그 이자를 익금에 포함한다고 정합니다(정당한 사유가 있는 경우 제외). 정리 방법으로는 가지급금을 상환하거나, 차용 약정을 맺고 시가 수준의 이자를 실제로 주고받는 방안을 검토할 수 있습니다. 상환 재원을 어떻게 마련하느냐에 따라 다른 세금 문제가 생길 수 있으니 순서를 정해 진행하시기 바랍니다. 또 법인세법 제52조 제3항은 특수관계인과 거래한 내용의 명세서를 세무서장에게 내도록 정하므로, 인출 날짜와 금액, 용도를 정리해 두시기 바랍니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.