상가 건물 장기보유특별공제, 12년 보유하고 팔면 몇 퍼센트까지 공제되나요?

Q

12년 전에 산 상가 건물을 팔려고 합니다. 등기도 제 이름으로 되어 있고 그동안 계속 임대를 주었습니다. 주택이 아니라 상가도 양도소득세 장기보유특별공제를 받을 수 있는지, 받는다면 몇 퍼센트까지 공제되는지 궁금합니다. 몇 년 더 가지고 있다가 팔면 공제율이 더 늘어나는지도 알고 싶습니다.

A
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상가 건물도 3년 이상 보유한 등기된 토지·건물이면 장기보유특별공제를 받을 수 있습니다. 보유기간이 12년 이상 13년 미만이면 양도차익의 100분의 24가 공제되고, 15년 이상 보유하면 가장 높은 100분의 30까지 공제됩니다. 소득세법 제95조 제1항은 양도소득금액을 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 뺀 금액으로 정합니다. 같은 조 제2항은 제94조 제1항 제1호의 토지·건물로서 보유기간이 3년 이상인 자산(미등기양도자산 등은 제외)의 양도차익에 표 1의 보유기간별 공제율을 곱한 금액을 장기보유 특별공제액으로 정합니다. 표 1은 3년 이상 4년 미만 100분의 6에서 시작해 1년마다 100분의 2씩 늘어, 12년 이상 13년 미만은 100분의 24, 15년 이상은 100분의 30입니다. 같은 조 제4항은 보유기간을 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 정합니다. 같은 조 제2항 단서의 표 2는 대통령령으로 정하는 1세대 1주택에만 적용되는 것으로, 보유기간별 공제율과 거주기간별 공제율을 각각 최대 100분의 40까지 더하는 방식입니다. 상가 건물은 주택이 아니므로 이 표 2가 아니라 표 1이 적용됩니다. 질문의 경우 취득일부터 양도일까지 12년 이상 13년 미만이면 100분의 24입니다. 예를 들어 양도차익이 3억 원이라면 7,200만 원이 공제되고 나머지가 양도소득금액이 됩니다. 1년 더 보유해 13년을 채우면 100분의 26, 14년이면 100분의 28, 15년 이상이면 100분의 30이 되며, 그 뒤로는 더 보유해도 공제율이 늘어나지 않습니다. 등기가 질문자 이름으로 되어 있으므로 미등기양도자산 제외 규정은 문제되지 않을 것으로 보입니다. 그동안 임대를 준 기간도 취득일부터 양도일까지에 들어가므로 보유기간에 그대로 포함됩니다. 반대로 보유기간이 3년 미만이면 표 1이 적용되지 않아 이 공제를 받을 수 없습니다. 또 같은 조 제5항은 주택이 아닌 건물을 사실상 주거용으로 쓰거나 공부상 용도를 주택으로 바꾼 경우의 특례를 두고 있으므로, 상가를 주거용으로 바꾼 적이 없다면 표 1만 보시면 됩니다. 보유기간은 실제 취득일과 양도일을 기준으로 계산하므로, 매매계약을 할 때 양도일이 언제로 잡히는지에 따라 공제율 구간이 바뀔 수 있습니다. 구간 경계 가까이에 있다면 날짜를 꼼꼼히 확인하시기 바랍니다. 공제율은 1년 단위로 바뀌므로, 13년이 되는 날까지 남은 기간이 짧다면 양도 시점에 따른 세금 차이를 비교해 보시는 것도 방법입니다. 팔고 나면 제105조 제1항 제1호에 따라 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 양도소득세 예정신고를 해야 하고, 같은 조 제3항에 따라 양도차익이 없어도 신고 의무가 있습니다. 취득 당시 계약서와 취득세 영수증, 그동안 들인 자본적 지출 증빙을 미리 모아 두시기 바랍니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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