주택을 두 채 가지고 있으면 1주택자 비과세는 적용되지 않습니다. 다만 주택임대 총수입금액이 2천만원 이하이므로 분리과세 주택임대소득에 해당하고, 100분의 14 세율의 분리과세와 근로소득에 합산하는 종합과세 중 하나를 선택할 수 있습니다. 소득세법 제12조 제2호 나목은 1개의 주택을 소유하는 자의 주택임대소득을 비과세로 정합니다(기준시가 12억원 초과 주택과 국외 주택은 제외). 제14조 제3항 제7호는 해당 과세기간 총수입금액의 합계액이 2천만원 이하인 자의 주택임대소득을 분리과세 주택임대소득으로 정해 종합소득과세표준에 합산하지 않습니다. 총수입금액이 2천만원을 넘으면 이 규정이 적용되지 않아 다른 소득과 합산해 종합과세됩니다. 주택 수 계산은 제12조 제2호 나목 후단에 따라 대통령령으로 정하므로, 배우자 명의 주택이 있다면 함께 확인해 보셔야 합니다. 2천만원 기준도 대통령령으로 정하는 총수입금액의 합계액으로 판단하므로, 월세 외에 따로 받는 돈이 있다면 포함되는지 확인하세요. 제64조의2 제1항은 종합소득 결정세액을 분리과세를 적용하기 전의 결정세액과, 분리과세 주택임대소득에 대한 사업소득금액에 100분의 14를 곱한 금액에 다른 종합소득 결정세액을 더한 금액 중 하나를 선택하도록 합니다. 같은 조 제2항은 이 사업소득금액을 총수입금액에서 필요경비(총수입금액의 100분의 50)를 뺀 금액으로 하고, 분리과세 주택임대소득을 제외한 종합소득금액이 2천만원 이하이면 200만원을 더 뺍니다. 소득세법 시행령 제122조의2의 요건을 갖춘 등록임대주택은 필요경비 100분의 60과 추가 차감 400만원이 적용됩니다. 질문의 경우 월세 1,200만 원에서 필요경비 600만 원을 빼면 사업소득금액은 600만 원입니다. 근로소득금액이 2천만원을 넘는다면 추가 차감 없이 600만 원에 100분의 14를 곱한 84만 원이 분리과세 세액이 됩니다. 근로소득금액이 2천만원 이하라면 200만원을 더 빼 400만 원에 100분의 14를 곱한 56만 원이 됩니다. 근로소득과 합쳐 기본세율을 적용하는 종합과세 세액과 비교해 낮은 쪽을 고르시면 되고, 근로소득이 많을수록 분리과세가 유리할 가능성이 큽니다. 등록임대주택으로 계산한 뒤 10년 이상 임대하지 않으면 같은 조 제3항에 따라 차액을 다시 내야 하니, 등록 여부는 신중히 정하셔야 합니다. 또 제70조 제2항에 따라 분리과세 주택임대소득만 있더라도 다음 연도 5월에 종합소득세 신고를 해야 합니다. 분리과세를 선택해도 신고 의무는 그대로이고 세액 계산 방식만 달라지며, 어느 쪽을 택할지는 신고할 때마다 다시 비교하시면 됩니다. 임대차계약서와 월세 입금 내역을 보관해 두시기 바랍니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.