음식점을 운영하는 개인사업자입니다. 몇 년 전 종합소득세 세무조사를 받아 추가로 세금을 내고 마무리했는데, 최근 같은 연도의 종합소득세를 다시 조사하겠다는 사전통지를 받았습니다. 그사이 따로 문제가 될 만한 일은 없었다고 생각하는데, 이미 조사받은 연도를 또 조사할 수 있는 것인지, 부당하다면 어떻게 다툴 수 있는지 알고 싶습니다.
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같은 세목과 같은 과세기간에 대한 재조사는 원칙적으로 금지됩니다. 법이 정한 예외 사유가 있을 때에만 다시 조사할 수 있습니다. 먼저 사전통지서에 적힌 조사 사유가 그 예외에 해당하는지 확인하는 것이 출발점입니다.
국세기본법 제81조의4 제1항은 세무공무원이 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며 조사권을 남용해서는 안 된다고 정하고, 같은 조 제2항은 세무공무원이 정해진 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다고 정합니다. 예외는 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우, 불복 절차의 재조사 결정에 따른 경우, 금품을 제공한 경우, 부분조사 후 포함되지 않은 부분을 조사하는 경우 등입니다. 국세기본법 시행령 제63조의2는 여기에 경제질서 교란을 통한 세금탈루 혐의자에 대한 일제조사, 다른 기관이 제공한 자료의 처리, 국세환급금 결정을 위한 확인조사 등을 더합니다. 제81조의7 제1항은 사전통지에 조사대상 세목, 조사기간, 조사 사유를 적도록 정합니다.
질문하신 경우 같은 연도의 종합소득세를 다시 조사하는 것이므로 재조사에 해당합니다. 통지서에 적힌 사유가 위 예외 가운데 어느 것인지 살펴보고, 사유가 막연하다면 관할 세무서에 구체적인 근거를 서면으로 물어보세요. 예를 들어 거래처를 조사하다가 질문하신 분과의 거래가 확인된 경우라면 예외에 해당할 수 있습니다. 예외에 해당한다고 볼 근거가 없다면 위법한 재조사라고 주장할 수 있습니다. 제81조의18 제2항 제4호는 위법하거나 부당한 세무조사에 대한 납세자의 일시중지 및 중지 요청을 납세자보호위원회가 심의한다고 정하고, 제81조의16 제2항은 세무서와 지방국세청에 납세자 권리보호업무를 수행하는 담당관을 둔다고 정합니다. 세무서 위원회의 결정에 동의하기 어렵다면 제81조의18 제3항 제1호에 따라 국세청 납세자보호위원회에 그 결정의 취소나 변경을 요청할 수 있습니다. 또 제81조의4 제3항은 조사대상 세목과 과세기간의 세액 계산과 관련 없는 장부등의 제출을 요구해서는 안 된다고 정하므로, 이전 조사와 무관한 자료를 폭넓게 요구한다면 이 점도 지적할 수 있습니다.
조사에 응하면서 다툴 때에는 제81조의5에 따라 변호사, 공인회계사, 세무사를 조사에 참여하게 하거나 의견을 진술하게 할 수 있습니다. 이전 세무조사의 결과통지서, 추가 납부 영수증, 당시 제출한 장부 목록을 찾아 두세요. 이번 조사가 이전 조사와 같은 내용을 다시 묻는 것인지 비교할 때 중요한 자료가 됩니다. 조사 사유를 묻고 답을 받는 과정은 모두 서면으로 남겨 두세요. 재조사 사유가 정당하더라도 조사 범위가 그 사유에 맞게 정해졌는지 살펴보시기 바랍니다.
구체적인 사안은 변호사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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