주택을 3채 이상 갖고 있고 보증금 합계가 3억원을 넘으면, 월세가 없어도 보증금 일부를 임대수입으로 보아 소득세를 계산합니다. 이를 흔히 간주임대료라고 부릅니다. 질문하신 경우는 3주택에 보증금 합계 9억 원이므로 대상에 해당할 가능성이 큽니다. 소득세법 제25조 제1항 본문은 부동산을 대여하고 보증금·전세금 등을 받으면 대통령령으로 정하는 금액을 사업소득의 총수입금액에 넣는다고 정합니다. 주택은 같은 항 단서와 제1호에 따라 3주택 이상을 소유하고 보증금등의 합계액이 3억원을 넘는 경우가 대상입니다. 다만 주거용 면적이 1호 또는 1세대당 40제곱미터 이하이고 기준시가가 2억원 이하인 주택은 2026년 12월 31일까지 주택 수에 넣지 않습니다. 계산 방법은 같은 법 시행령 제53조 제3항 제1호가 정합니다. 보증금등에서 3억원을 빼되 2주택 이상이면 적수가 가장 큰 주택의 보증금부터 순서대로 뺍니다. 그 적수에 100분의 60과 1/365, 재정경제부령으로 정하는 정기예금이자율을 곱합니다. 그 뒤 임대사업부분에서 생긴 이자·배당 등 금융수익을 뺀 금액이 총수입금액이 됩니다. 계산 결과가 영보다 적으면 없는 것으로 보고, 적수는 매월 말 현재 보증금 잔액에 경과일수를 곱해 계산할 수 있습니다. 장부 없이 추계로 신고하는 경우에는 같은 조 제4항에 따라 금융수익을 빼지 않는 식으로 계산합니다. 질문의 경우 빌라는 59제곱미터라 소형주택 예외에 해당하지 않아 3주택이 됩니다. 1년 내내 같은 보증금이었다면 9억 원에서 3억 원을 뺀 6억 원의 100분의 60인 3억6천만 원에 정기예금이자율을 곱한 금액이 수입금액으로 잡힙니다. 1년 중 일부 기간만 전세였다면 그 기간의 적수로 계산합니다. 3억원은 적수가 가장 큰 4억 원 아파트의 보증금부터 빼므로, 그 아파트에서 1억 원, 나머지 두 채는 보증금 전액이 계산에 남는 구조입니다. 이자율은 재정경제부령에서 확인해야 합니다. 주택 수를 셀 때 시행령 제53조 제8항은 시행령 제8조의2를 준용합니다. 같은 조 제3항 제4호에 따라 본인과 배우자가 각각 소유한 주택은 합산하므로, 배우자 명의 주택이 있다면 함께 세어야 합니다. 보증금을 예금 등에 넣어 받은 이자를 빼려면 시행령 제53조 제6항에 따라 장부나 증빙으로 그 보증금으로 취득한 금융자산임이 확인되어야 합니다. 간주임대료는 사업소득의 총수입금액이므로 주택임대 사업소득으로 신고하게 됩니다. 주택임대 총수입금액 합계가 2천만원 이하이면 소득세법 제14조 제3항 제7호의 분리과세 주택임대소득에 해당할 수 있어, 종합소득세 신고 때 계산 방식이 달라집니다. 전세계약서와 보증금 변동 내역, 보증금으로 운용한 예금의 이자 내역을 보관하시기 바랍니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.