임대사업을 하려고 상가 건물 한 동을 10억 원에 사기로 하고 계약을 앞두고 있습니다. 매도인은 이 상가를 일반과세자로 임대해 오던 분인데, 계약서에 건물값을 1억 원으로 낮게 적고 나머지를 땅값으로 하자고 합니다. 기준시가로 따져 보면 건물 비중이 30% 정도 되는 것 같습니다. 건물분에만 부가세가 붙는다는데 계약서에 적은 대로 나눠도 되는지, 아니면 다른 기준으로 나누게 되는지 알고 싶습니다.
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토지 공급은 부가가치세가 면제되고, 건물 공급분에만 부가가치세가 붙습니다. 원칙은 계약서의 실지거래가액 구분을 따르지만, 그 구분이 법이 정한 안분계산 금액과 100분의 30 이상 차이 나면 안분계산한 금액이 건물 공급가액이 됩니다. 질문처럼 기준시가로 3억 원쯤인 건물을 1억 원으로 적으면 안분계산으로 다시 나뉠 가능성이 큽니다.
부가가치세법 제26조 제1항 제14호는 토지의 공급을 면세로 정합니다. 같은 법 제29조 제9항 본문은 토지와 그 위 건물 등을 함께 공급하면 건물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다고 정합니다. 단서는 토지와 건물 가액 구분이 불분명한 경우(제1호)와, 구분한 가액이 안분계산 금액과 100분의 30 이상 차이 나는 경우(제2호)에 안분계산 금액을 공급가액으로 한다고 정합니다.
안분 방법은 같은 법 시행령 제64조 제1항이 정합니다. 계약서에 구분이 아예 없는 경우도 같은 방법으로 나눕니다. 토지와 건물의 기준시가가 모두 있으면 공급계약일 현재 기준시가 비율로 나눕니다. 다만 정해진 기간 안에 감정평가법인등이 평가한 감정평가가액이 있으면 그 비율로 나눕니다. 여기서 감정평가가액은 공급시기가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간 종료일까지 평가한 것을 말합니다. 기준시가가 없는 경우는 같은 항 제2호에 따라 감정평가가액, 없으면 장부가액 등의 비율로 나누고, 이도 적용하기 어려우면 제3호에 따라 국세청장이 정하는 방법을 씁니다.
건물에 딸린 구축물 등도 건물 쪽 가액에 들어갑니다. 질문의 경우 기준시가 비율로 건물분이 약 3억 원이라면, 계약서상 1억 원은 이 금액과 100분의 30을 훨씬 넘게 차이 납니다. 그러면 제29조 제9항 제2호에 따라 계약서 구분 대신 안분계산한 금액이 건물 공급가액이 되어, 그 금액을 기준으로 부가가치세가 계산될 수 있습니다. 매도인 입장에서도 건물분 부가가치세를 거래징수해야 하므로, 계약서 금액과 다른 기준으로 공급가액이 정해지면 세금계산서 금액부터 다시 맞춰야 합니다. 시행령 제64조 제2항의 예외는 다른 법령에 따라 가액을 구분한 경우나 건물을 철거하고 토지만 쓰는 경우여서 질문의 상황과는 다릅니다.
계약서에는 건물 공급가액과 부가가치세를 따로 적어 두세요. 제29조 제7항은 받은 대가에 부가가치세가 포함됐는지 분명하지 않으면 그 대가의 110분의 100을 공급가액으로 본다고 정합니다. 감정평가를 받으면 비용이 들지만 실제 가치에 가까운 비율로 나눌 근거가 생깁니다. 감정평가를 받아 둘지, 기준시가로 나눈 금액을 계약서에 그대로 적을지 계약 전에 매도인과 정하고, 매수인 쪽 매입세액 공제 요건도 함께 확인하시기 바랍니다.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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