소프트웨어 개발 법인을 세운 지 3년 됐습니다. 첫해와 둘째 해에는 개발비 때문에 합쳐서 1억 2천만 원 정도 적자가 났고, 법인세 신고 때 결손금으로 신고했습니다. 셋째 해에 처음으로 8천만 원 정도 이익이 날 것 같은데, 앞서 난 적자를 빼고 법인세를 계산할 수 있는지, 언제까지 얼마나 뺄 수 있는지 알고 싶습니다. 회사는 중소기업입니다.
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신고한 결손금은 이월결손금으로서, 각 사업연도 개시일 전 15년 이내에 개시한 사업연도에 발생한 것이면 이후 사업연도 소득에서 공제할 수 있습니다. 중소기업은 해당 사업연도 소득의 100분의 100까지 공제할 수 있어, 셋째 해 소득 8천만 원 전부를 결손금으로 상쇄하고 남은 4천만 원은 다음 사업연도로 넘어갑니다.
법인세법 제14조 제2항은 손금 총액이 익금 총액을 넘는 금액을 결손금으로, 같은 조 제3항은 그 후 사업연도 과세표준을 계산할 때 공제되지 않은 결손금을 이월결손금으로 정합니다. 제13조 제1항은 과세표준을 각 사업연도 소득의 범위에서 이월결손금, 비과세소득, 소득공제액을 차례로 공제한 금액으로 정합니다. 같은 항 제1호는 이월결손금 중 각 사업연도 개시일 전 15년 이내에 개시한 사업연도에서 발생했고, 신고하거나 결정·경정되거나 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 공제하도록 정합니다. 같은 항 단서는 이월결손금 공제를 각 사업연도 소득의 100분의 80으로 제한하되, 조세특례제한법상 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등은 100분의 100으로 정합니다.
질문의 경우 첫해와 둘째 해 결손금을 법인세 신고에 포함했으므로 신고 요건을 갖춥니다. 셋째 해 소득 8천만 원에서 1억 2천만 원 중 8천만 원을 공제하면 과세표준은 0원이 되고, 남은 4천만 원은 넷째 해 이후로 넘어가 계속 공제할 수 있습니다. 중소기업이 아니라면 8천만 원의 100분의 80인 6,400만 원까지만 공제되어 1,600만 원에는 법인세가 붙습니다. 결손금이 생긴 사업연도부터 15년 이내에 개시하는 사업연도에서 쓸 수 있으므로 기간은 넉넉한 편입니다.
제13조 제2항은 공제되지 않은 비과세소득과 소득공제액은 다음 사업연도로 넘길 수 없다고 정하므로, 이월되는 것은 결손금입니다. 한편 제72조는 중소기업이 결손금이 생긴 사업연도에 직전 사업연도 법인세액을 한도로 환급을 신청하는 소급공제를 정하지만, 설립 초기처럼 직전 사업연도에 낸 법인세가 없으면 활용할 여지가 없습니다. 이 소급공제는 같은 조 제4항에 따라 결손금이 생긴 사업연도와 직전 사업연도의 법인세를 모두 신고기한 안에 신고한 경우에만 쓸 수 있고, 같은 조 제2항에 따라 신고기한까지 신청해야 합니다.
앞으로의 흐름을 예로 들면, 넷째 해 소득이 3천만 원이라면 남은 결손금 4천만 원 중 3천만 원을 공제하고, 마지막 1천만 원은 다섯째 해 이후로 다시 넘어갑니다. 결손금을 다 쓰고 나면 그때부터 소득 전체에 법인세가 붙습니다.
결손금 공제는 신고된 금액이 기준이므로 매년 법인세 신고를 빠짐없이 하고, 결손금이 생긴 해의 신고서와 결산 자료를 보관하세요. 매출이 커지면 중소기업에 해당하는지도 해마다 확인하시기 바랍니다.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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