사업자 본인이 지역가입자로 낸 건강보험료와 장기요양보험료는 사업소득을 계산할 때 필요경비로 넣고, 국민연금 보험료는 종합소득금액에서 빼는 연금보험료공제로 받습니다. 두 보험료는 공제받는 자리가 다릅니다. 직장인처럼 근로소득금액에서 건강보험료를 빼는 특별소득공제는 사업자 본인에게 적용되지 않습니다. 소득세법 제27조 제1항은 사업소득의 필요경비를 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 정합니다. 같은 법 시행령 제55조 제1항 제11호의3은 국민건강보험법과 노인장기요양보험법에 따른 지역가입자로서 부담하는 보험료를 필요경비로 정합니다. 반면 같은 법 제52조 제1항의 보험료 특별소득공제는 근로소득이 있는 거주자가 근로자로서 부담하는 보험료에 대한 것입니다. 같은 법 제51조의3 제1항은 종합소득이 있는 거주자가 공적연금 관련법에 따른 기여금 또는 개인부담금을 납입하면 그 과세기간에 납입한 금액을 종합소득금액에서 공제한다고 정합니다. 질문의 경우 한 해 낸 건강보험료 약 300만 원은 간편장부에 경비로 적어 사업소득금액을 줄입니다. 국민연금 보험료 약 360만 원은 사업소득금액을 포함한 종합소득금액에서 공제합니다. 다만 같은 조 제3항은 인적공제, 연금보험료공제, 특별소득공제 등을 모두 합한 금액이 종합소득금액을 넘으면 넘는 금액만큼 연금보험료공제를 받지 않은 것으로 보므로, 소득이 적은 해에는 다 공제되지 않을 수 있습니다. 두 보험료는 들어가는 자리가 다르므로 섞이지 않게 해야 합니다. 국민연금 보험료를 장부에 경비로 적으면 안 되고, 건강보험료를 소득공제란에 다시 적어서도 안 됩니다. 같은 비용을 두 번 빼면 나중에 바로잡아야 합니다. 건강보험료는 간편장부에 납부한 달마다 기록하고, 고지서와 납부 내역을 증빙으로 보관하세요. 건강보험료는 사업소득금액 자체를 줄이고, 국민연금 보험료는 소득금액을 계산한 다음 단계에서 빼는 공제라는 차이가 있습니다. 또 연금보험료공제는 그 과세기간에 납입한 금액이 기준이므로, 밀린 보험료를 나중에 한꺼번에 냈다면 실제로 낸 해에 공제됩니다. 신고서를 내기 전에 건강보험료는 장부상 경비 합계에, 국민연금 보험료는 소득공제 명세에 각각 들어가 있는지 마지막으로 확인하세요. 나중에 직원을 두게 되면 시행령 제55조 제1항 제11호에 따라 사용자로서 부담하는 직원의 건강보험료와 고용보험료가 필요경비가 되고, 제11호의2에 따라 직장가입자로서 부담하는 사용자 본인의 건강보험료도 필요경비가 됩니다. 종합소득 과세표준확정신고는 같은 법 제70조 제1항에 따라 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 하고, 같은 조 제4항 제1호는 연금보험료공제 대상임을 증명하는 서류를 첨부하도록 합니다. 보험료 납부 내역을 미리 출력해 두세요. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.