코스닥에 상장된 한 회사 주식을 몇 년째 모아 왔는데, 직전 연말 기준으로 그 회사 발행주식의 2.3% 정도를 갖고 있고 평가액은 15억 원 정도입니다. 상장주식은 장내에서 팔면 양도세가 없다고 알고 있었는데, 지분이 많으면 대주주가 되어 양도세를 낸다는 이야기를 들었습니다. 이 주식 일부를 팔면 양도소득세를 내야 하는지, 내야 한다면 언제까지 신고하는지 궁금합니다.
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상장주식이라도 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하면 장내 거래여도 양도소득세 과세 대상입니다. 코스닥시장 상장법인은 직전 사업연도 종료일 현재 소유주식의 비율이 100분의 2 이상이거나 시가총액이 50억원 이상이면 대주주로 보므로, 지분율 2.3퍼센트라면 평가액과 관계없이 대주주에 해당할 가능성이 큽니다.
소득세법 제94조 제1항 제3호 가목은 주권상장법인의 대주주가 양도하는 주식과, 대주주가 아닌 자가 증권시장 밖에서 양도하는 주식을 양도소득 과세 대상으로 정합니다. 같은 법 시행령 제157조 제2항 제1호는 코스닥시장상장법인 주식의 경우 직전 사업연도 종료일 현재 소유주식의 비율이 100분의 2 이상이거나 시가총액이 50억원 이상이면 대주주로 봅니다. 같은 조 제9항은 직전 사업연도 종료일에는 기준에 미달했어도 그 뒤 주식을 취득해 기준에 해당하면 그 취득일 이후 대주주로 봅니다. 같은 조 제4항 제1호는 시가총액을 계산할 때 직전 사업연도 종료일 현재의 최종시세가액을 시가로 합니다. 참고로 같은 조 제1항은 코스닥·코넥스가 아닌 주권상장법인의 경우 지분율 100분의 1 이상 또는 시가총액 50억원 이상을 기준으로 정하고 있어 시장에 따라 지분율 기준이 다릅니다.
대주주 여부는 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 보유 현황으로 판단하므로, 사업연도 중간에 일부를 팔아 지분율이 2퍼센트 아래로 내려가도 같은 사업연도 안의 양도는 대주주의 양도로 과세됩니다. 질문자와 가족 등의 지분 합계가 그 회사 주주 중 최대인 경우에는 특수관계인 지분을 합산하는 규정도 있으니 함께 확인하세요.
세율은 같은 법 제104조 제1항 제11호 가목이 정합니다. 1년 미만 보유한 중소기업 외 법인 주식은 100분의 30이고, 그 밖의 주식은 과세표준 3억원 이하 20퍼센트, 3억원 초과분은 6천만원에 초과액의 25퍼센트를 더한 금액입니다. 몇 년째 보유하셨다면 뒤의 세율이 적용됩니다. 보유기간은 같은 조 제2항에 따라 해당 자산의 취득일부터 양도일까지로 계산합니다. 같은 법 제103조 제1항 제2호는 주식 양도소득금액에서 연 250만원을 공제합니다.
신고는 같은 법 제105조 제1항 제2호에 따라 양도일이 속하는 반기의 말일부터 2개월 이내에 예정신고를 해야 하고, 양도차익이 없어도 신고 대상입니다. 같은 법 제110조는 다음 연도 5월에 확정신고를 하도록 하되, 예정신고를 했다면 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고 확정신고를 하지 않을 수 있게 합니다. 증권사 거래 내역과 취득가액 자료를 보관해 두세요. 대주주 여부는 회사별로 판단하므로 다른 종목은 각각의 지분율과 시가총액으로 따로 보고, 매도 날짜별로 어느 반기에 속하는지 구분해 신고 기한을 관리하세요.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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