상가 임대보증금 부가가치세, 보증금에도 간주임대료로 부가세가 붙나요?

맞습니다. 상가 같은 부동산 임대용역을 공급하면서 보증금을 받으면, 보증금에 정기예금 이자율을 적용해 계산한 금액도 공급가액에 포함되어 부가가치세가 과세됩니다. 이를 흔히 간주임대료라고 부릅니다. 다만 이 부분은 세금계산서를 발급할 의무가 없습니다. 부가가치세법 제29조 제10항 제1호는 사업자가 부동산 임대용역을 공급하고 전세금 또는 임대보증금을 받는 경우의 공급가액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산하도록 정합니다. 같은 법 시행령 제65조 제1항은 이를 금전 외의 대가를 받는 것으로 보아, 해당 기간의 보증금에 과세대상 기간의 일수와 계약기간 1년의 정기예금 이자율을 곱하고 365(윤년은 366)로 나눈 금액을 공급가액으로 합니다. 이자율은 같은 법 시행규칙 제47조가 정하며, 현재는 1,000분의 31입니다. 이 이자율은 그동안 여러 차례 바뀌어 왔고, 시행령 제65조 제1항은 예정신고기간 또는 과세기간 종료일 현재의 이자율을 쓰도록 하므로 신고할 때마다 그 시점의 규정을 확인해야 합니다. 시행령 제65조 제3항은 계약에 따라 보증금을 임대료에 충당한 경우 그 금액을 빼고 계산하도록 정합니다. 질문에 대입해 1년으로 단순 계산하면 보증금 3억 원에 1,000분의 31을 곱한 약 930만 원이 공급가액이 됩니다. 제30조의 세율 10퍼센트를 적용하면 1년에 약 93만 원의 부가가치세가 월세분과 별도로 생깁니다. 실제 신고는 과세기간별 일수로 나눠 계산합니다. 예를 들어 1월부터 6월까지 181일이라면 3억 원에 181을 곱하고 1,000분의 31을 곱한 뒤 365로 나눈 약 461만 원이 그 기간의 공급가액입니다. 만약 건물을 직접 소유하지 않고 빌린 상가를 다시 세주는 경우라면, 시행령 제65조 제2항에 따라 받은 보증금에서 임차할 때 낸 보증금을 빼고 계산합니다. 세금계산서는 시행령 제71조 제1항 제6호에 따라 부동산 임대용역 가운데 제65조 제1항이 적용되는 부분, 즉 간주임대료 부분에 대해서는 발급 의무가 면제됩니다. 월세분은 지금처럼 세금계산서를 발급하고, 간주임대료분은 신고서에 매출로 포함해 신고·납부하면 됩니다. 간주임대료는 실제로 돈을 주고받는 것이 아니라 법이 공급가액으로 보는 금액이므로, 세금계산서 없이 임대인이 자신의 매출로 잡아 신고하는 구조입니다. 참고로 같은 법 제26조 제1항 제12호에 따라 주택 임대는 부가가치세가 면제되므로, 이 계산은 상가처럼 과세되는 임대에 적용됩니다. 신고할 때는 같은 법 제55조 제2항에 따라 부동산임대공급가액명세서를 함께 내야 합니다. 명세서를 내지 않거나 수입금액을 사실과 다르게 적으면 제60조 제8항에 따라 차액의 1퍼센트가 가산세로 붙습니다. 계약 기간 중 보증금이 바뀌면 바뀐 날부터 금액을 나눠 계산해야 하니 계약서 사본을 함께 보관하시기 바랍니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.