작은 가게에서 과일과 함께 과자, 음료 같은 가공식품을 팔고 있는 일반과세자입니다. 매출은 과일이 70퍼센트, 가공식품이 30퍼센트쯤 됩니다. 가게 월세를 낼 때 임대인에게서 부가가치세가 붙은 세금계산서를 받는데, 이 부가세를 전부 공제받을 수 있는지, 아니면 일부만 공제되는지 궁금합니다. 나눈다면 어떤 기준으로 계산하나요?
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가공하지 않은 과일은 부가가치세가 면제되고 과자·음료 같은 가공식품은 과세되므로, 질문하신 가게는 과세사업과 면세사업을 함께 하는 겸영 사업자입니다. 가게 월세처럼 어느 쪽에 쓰였는지 나눌 수 없는 매입세액은 전체 공급가액 중 면세 공급가액의 비율만큼 공제되지 않고, 나머지만 공제됩니다.
부가가치세법 제26조 제1항 제1호는 가공되지 아니한 식료품(식용으로 제공되는 농산물 등 포함)의 공급을 면세합니다. 제39조 제1항 제7호는 면세사업등에 관련된 매입세액을 공제하지 않는다고 정합니다. 제40조는 겸영 사업자의 매입세액을 실지귀속에 따라 나누되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(공통매입세액)은 면세공급가액 비율 등 대통령령이 정하는 기준으로 안분하도록 합니다.
같은 법 시행령 제81조 제1항은 면세사업등에 관련된 매입세액을 '공통매입세액 × 면세공급가액 ÷ 총공급가액'으로 계산하도록 정합니다. 예정신고 때는 예정신고기간의 비율로 안분하고, 확정신고 때 과세기간 전체 비율로 정산합니다.
질문하신 경우 한 과세기간의 매출에서 과일 공급가액이 70퍼센트라면 월세 부가세의 70퍼센트는 면세사업 관련으로 보아 공제되지 않고, 30퍼센트만 공제됩니다. 예를 들어 그 과세기간에 받은 월세 세금계산서의 부가세 합계가 60만 원이라면 42만 원은 불공제, 18만 원은 공제 대상입니다. 비율은 공급가액 기준이므로 가공식품 매출은 부가가치세를 뺀 금액으로 계산합니다. 매출 비율이 과세기간마다 달라지면 공제액도 달라집니다.
안분하지 않아도 되는 예외도 있습니다. 시행령 제81조 제2항은 해당 과세기간 총공급가액 중 면세공급가액이 5퍼센트 미만인 경우(공통매입세액이 5백만원 이상이면 제외)와 공통매입세액이 5만원 미만인 경우 등에는 전액 공제하도록 정합니다. 질문하신 가게는 면세 비율이 70퍼센트이므로 첫째 예외에는 해당하지 않습니다. 또 같은 조 제4항은 개업 직후처럼 해당 과세기간에 과세사업과 면세사업 중 어느 한쪽의 공급가액이 없으면 총매입가액 대비 면세 관련 매입가액 비율, 예정공급가액 비율, 예정사용면적 비율의 순서로 안분하도록 정합니다.
실지귀속을 나눌 수 있는 매입은 안분 대상이 아닙니다. 과자·음료를 들여올 때 받은 세금계산서의 부가세는 과세사업 관련이므로 전액 공제되고, 과일 매입과 직접 관련된 비용의 부가세는 공제되지 않습니다. 계산대에서 과일과 가공식품 매출을 따로 집계해 두면 면세공급가액 비율을 정확히 산정할 수 있습니다. 월세·전기료처럼 공통으로 쓰는 비용의 세금계산서는 따로 모아 두고 신고 때마다 비율을 적용하세요. 계산대에서 과일과 가공식품을 다른 상품군으로 등록해 두면 집계가 쉽고, 비율 계산에 쓴 자료는 신고 후에도 보관해 두는 것이 좋습니다.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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