인테리어 자재를 파는 일반과세자 개인사업자입니다. 얼마 전 부가가치세 확정신고를 마쳤는데, 장부를 정리하다 보니 거래처에서 제때 받은 매입 세금계산서 두 장을 신고에서 빠뜨린 것을 발견했습니다. 두 장의 부가세를 합치면 80만 원 정도 됩니다. 이미 신고가 끝났는데 지금이라도 이 매입세액을 공제받을 수 있는지, 아니면 다음 신고 때 넣으면 되는지 알고 싶습니다.
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공제받을 수 있습니다. 세금계산서는 제때 받았는데 신고에서만 빠뜨렸다면, 빠진 세금계산서를 반영한 매입처별 세금계산서합계표를 경정청구서와 함께 내 원래 과세기간의 매입세액으로 공제받는 방법이 있습니다. 다음 과세기간 신고에 끼워 넣는 방식은 법이 정한 공제 시기와 맞지 않습니다.
부가가치세법 제38조 제1항 제1호는 사업을 위해 공급받은 재화나 용역의 부가가치세액을 매입세액으로 공제하고, 같은 조 제2항은 이 매입세액을 재화나 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다고 정합니다. 제39조 제1항 제1호는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 않은 경우의 매입세액을 공제하지 않되, 대통령령으로 정하는 경우는 제외합니다. 같은 법 시행령 제74조 제2호는 그 예외로, 발급받은 세금계산서에 대한 매입처별 세금계산서합계표를 경정청구서와 함께 제출해 경정기관이 경정하는 경우를 듭니다.
경정청구의 기한은 국세기본법 제45조의2 제1항이 정합니다. 신고한 세액이 세법에 따라 신고해야 할 세액을 넘거나, 신고한 환급세액이 신고해야 할 환급세액에 미치지 못할 때 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있습니다. 같은 조 제3항에 따라 세무서장은 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 결과를 통지해야 합니다. 2개월 이내에 아무 통지를 받지 못하면 같은 항 단서에 따라 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 이의신청, 심사청구, 심판청구 등을 할 수 있고, 제4항은 기간 안에 결정이 어려우면 세무서장이 진행상황과 불복할 수 있다는 사실을 알리도록 정합니다.
질문하신 경우 매입세액 80만 원이 빠져 그만큼 부가가치세를 더 냈거나 환급을 덜 받은 상태이므로 이 경정청구 사유에 해당합니다. 세금계산서를 공급시기에 맞춰 받았다면 해당 과세기간을 대상으로 경정청구를 하면 됩니다. 다음 신고에 넣는 방법은 제38조 제2항의 공제 시기와 맞지 않으므로 원래 과세기간을 바로잡아야 합니다. 경정이 이루어지면 더 낸 세금은 돌려받고, 덜 받은 환급세액은 그 차액을 추가로 받게 되며, 결과도 그 과세기간을 기준으로 통지됩니다. 부가가치세법 시행령 제106조 제2항은 결정·경정으로 추가로 생긴 환급세액을 지체 없이 환급하도록 정합니다.
수정신고와 헷갈리지 마세요. 국세기본법 제45조 제1항의 수정신고는 신고한 세액이 신고해야 할 세액에 미치지 못하거나 환급세액을 너무 많이 신고했을 때 하는 절차로, 세금을 더 내야 하는 방향입니다. 공제를 빠뜨려 세금을 더 낸 지금은 경정청구가 맞는 절차입니다.
청구할 때는 빠진 세금계산서 두 장과 그 대금을 지급한 내역을 함께 준비하고, 세금계산서에 등록번호와 공급가액 같은 기재사항이 제대로 적혀 있는지도 확인하세요. 5년이 지나면 청구할 수 없으므로 미루지 않는 것이 좋습니다.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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