직장인인데 얼마 전 무릎 수술을 받고 병원비로 620만 원을 냈습니다. 그 뒤 가입해 둔 실손보험에 청구해서 480만 원을 돌려받았습니다. 연말정산 때 의료비 세액공제를 받으려고 하는데, 병원에 낸 620만 원을 그대로 넣어도 되는지, 보험에서 받은 돈을 빼고 남은 금액만 넣어야 하는지 알고 싶습니다. 회사에 서류를 낼 때 따로 챙길 것도 있을까요?
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실손의료보험에서 돌려받은 금액은 의료비 세액공제 대상에서 빼야 합니다. 병원에 낸 620만 원 가운데 보험금 480만 원을 뺀 140만 원만 공제 대상 의료비가 되고, 그 금액도 총급여액의 3퍼센트를 기준으로 다시 걸러서 공제액이 정해집니다.
소득세법 제59조의4 제2항은 근로소득이 있는 거주자가 기본공제대상자를 위하여 대통령령으로 정하는 의료비를 지급한 경우 그 일정 비율을 종합소득산출세액에서 공제하도록 정합니다. 같은 법 시행령 제118조의5 제1항은 그 의료비를 근로자가 직접 부담하는 의료비로 정하면서, 괄호에서 같은 영 제216조의3 제7항 각 호의 자로부터 지급받은 실손의료보험금은 제외한다고 밝힙니다. 제216조의3 제7항은 보험업법에 따른 보험회사, 수산업협동조합법 등에 따른 공제사업자, 법률에 따른 각종 공제회, 우정사업본부를 들고 있습니다.
질문하신 경우 수술비를 먼저 냈더라도 보험회사가 그중 480만 원을 메워 주었으므로, 질문자께서 직접 부담한 의료비는 140만 원입니다. 본인을 위한 의료비는 소득세법 제59조의4 제2항 제2호 가목에 해당해 연 700만 원 한도 없이 계산하지만, 같은 호 단서에 따라 다른 가족을 위한 의료비가 총급여액의 3퍼센트에 못 미치면 그 미달액을 빼고 계산합니다. 공제율은 같은 항 본문에 따라 100분의 15입니다. 예를 들어 총급여액이 4,000만 원이고 다른 의료비가 없다면, 3퍼센트인 120만 원을 넘는 20만 원에 15퍼센트를 곱한 3만 원이 공제액이 됩니다.
이 원칙은 질문자 본인뿐 아니라 부모님이나 자녀처럼 기본공제대상자를 위해 낸 의료비에 대해 실손보험금을 받은 경우에도 똑같이 적용됩니다. 시행령 제118조의5 제1항이 의료비의 범위 자체에서 실손의료보험금을 빼고 있기 때문입니다. 또 같은 조 제2항은 미용·성형수술을 위한 비용과 건강증진을 위한 의약품 구입비용을 의료비에 넣지 않으므로, 치료 목적의 수술이었다는 점이 영수증에 드러나도록 서류를 정리해 두시면 좋습니다.
반대로 620만 원을 그대로 넣어 공제를 받으면 공제가 실제보다 많아집니다. 이미 그렇게 신고했다면 국세기본법 제45조 제1항에 따라 세무서가 결정이나 경정을 하여 통지하기 전까지 과세표준수정신고서를 내어 바로잡을 수 있으니, 잘못을 알게 되었을 때 서둘러 고치는 것이 좋습니다.
소득세법 제59조의4 제6항에 따라 의료비 공제는 근로자가 신청한 경우에 적용되므로, 연말정산 서류를 낼 때 보험금을 뺀 금액이 맞는지 직접 확인하고 신청하셔야 합니다. 회사에 낼 의료비 금액은 보험금을 뺀 금액으로 적고, 병원 영수증과 보험금 지급 내역서를 함께 보관해 두세요. 가족을 위한 의료비가 따로 있다면 그 금액도 같은 방식으로 보험금을 빼고 정리해야 3퍼센트 기준을 정확히 맞출 수 있습니다.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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