카페를 운영하는 개인사업자입니다. 주 4일 근무하던 아르바이트생이 8개월 정도 일하고 이번 달 말에 그만두기로 했습니다. 매달 급여에서 간이세액표대로 세금을 떼 왔는데, 연도 중간에 퇴사하는 직원의 연말정산은 사업주가 언제 해 줘야 하는지, 그리고 직원이 공제 서류를 주지 않으면 어떻게 해야 하는지 알고 싶습니다.
연도 중간에 퇴사하는 직원은 퇴직하는 달의 급여를 지급할 때 사업주가 퇴직일까지의 근로소득으로 연말정산을 해야 합니다. 직원이 공제 신고를 하지 않으면 본인에 대한 기본공제와 표준세액공제만 적용해 정산합니다. 정산 뒤에는 원천징수영수증 발급, 세금 납부, 지급명세서 제출이 이어집니다.
소득세법 제134조 제1항은 매월분 근로소득을 지급할 때 근로소득 간이세액표에 따라 원천징수하도록 하는데, 이렇게 매달 뗀 세금은 연말정산 때 다시 정산됩니다. 같은 조 제2항 제2호는 퇴직자가 퇴직하는 달의 근로소득을 지급할 때 제137조 등에 따라 원천징수하도록 정합니다. 제137조 제1항은 퇴직자의 경우 퇴직하는 날까지의 근로소득금액에 종합소득공제를 적용해 산출세액을 계산하고, 이미 원천징수한 세액과 각종 세액공제를 빼서 추가 납부세액을 원천징수하도록 합니다. 같은 조 제2항은 이미 뗀 세액 등이 산출세액보다 많으면 그 차액을 근로자에게 환급하도록 하고, 제3항은 공제 신고를 하지 않은 근로자에게는 본인에 대한 기본공제와 표준세액공제만 적용하도록 정합니다.
8개월 동안 계속 일한 아르바이트생은 일용근로자가 아닙니다. 소득세법 시행령 제20조 제1항 제3호는 건설·하역 외 업무에서 근로계약에 따라 같은 고용주에게 3월 이상 계속하여 고용되어 있지 않은 사람을 일용근로자로 보기 때문입니다. 따라서 이달 말 마지막 급여를 줄 때 연말정산을 하고, 더 뗀 세금은 돌려주고 덜 뗀 세금은 추가로 원천징수합니다. 직원이 부양가족이나 보험료 등 공제 자료를 내면 반영하고, 내지 않으면 제137조 제3항대로 정산합니다. 이 경우 부양가족 공제 등이 빠진 채 계산되므로 세금이 실제보다 많이 나올 수 있습니다. 정산 결과 이미 뗀 세금이 더 많으면 제137조 제2항에 따라 그 차액을 직원에게 돌려주어야 하므로, 마지막 급여와 함께 환급액을 정리해 지급하는 것이 일반적인 처리 순서입니다.
정산 뒤 할 일도 정해져 있습니다. 제143조 제1항 단서에 따라 중도 퇴직자에게는 퇴직한 날이 속하는 달의 근로소득 지급일이 속하는 달의 다음 달 말일까지 근로소득 원천징수영수증을 발급해야 합니다. 정산으로 원천징수한 세액은 제128조 제1항에 따라 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납부하고, 근로소득 지급명세서는 제164조 제1항에 따라 지급일이 속하는 과세기간의 다음 연도 3월 10일까지 제출합니다.
제73조 제1항 제1호에 따라 근로소득만 있는 사람은 확정신고를 하지 않아도 되지만, 퇴사 때 공제를 다 반영하지 못한 직원은 제70조 제1항에 따라 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 종합소득 과세표준확정신고를 하면서 공제를 추가로 반영할 수 있다는 점을 안내해 주면 좋습니다. 퇴사 전에 공제 자료 제출 여부를 미리 물어 두세요.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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