대학원 등록금 교육비 세액공제, 직장인 본인이 내면 연말정산 되나요?

근로소득이 있는 본인이 다니는 대학원에 낸 등록금은 교육비 세액공제 대상이고, 본인 교육비에는 법이 정한 연간 한도가 없습니다. 반면 배우자를 위해 대학원에 낸 교육비는 공제 대상에서 빠지므로, 아내의 대학원 등록금은 질문자가 내더라도 공제를 받을 수 없습니다. 소득세법 제59조의4 제3항은 근로소득이 있는 거주자가 본인과 기본공제대상자를 위해 대통령령으로 정하는 교육비를 지급한 경우, 정해진 금액의 100분의 15를 종합소득 산출세액에서 공제한다고 정합니다. 같은 항 제2호 나목은 해당 거주자 본인을 위해 대학 또는 대학원의 1학기 이상에 해당하는 교육과정에 지급하는 교육비를 공제 대상으로 듭니다. 제2호에는 제1호와 같은 1명당 한도 규정이 없습니다. 같은 항 제1호는 기본공제대상자인 배우자·직계비속·형제자매 등을 위해 지급한 교육비를 정하면서, 단서에서 대학원에 지급하는 교육비는 제외하고 대학생은 1명당 연 900만원을 한도로 둡니다. 공제 대상 교육비의 범위는 소득세법 시행령 제118조의6 제1항이 정하며 수업료와 입학금 등이 들어갑니다. 같은 조 제2항은 재학 중인 학교나 직장 등으로부터 받은 장학금 등을 비과세되는 교육비로 보아 공제하지 않도록 합니다. 질문자는 회사 지원 없이 본인 돈으로 석사과정 등록금을 내고 있으므로, 한 해에 낸 등록금 전액이 공제 대상 교육비가 됩니다. 두 학기에 1,200만원을 냈다면 그 100분의 15인 180만원이 세액공제 대상 금액입니다. 다만 세액공제는 낼 세금에서 빼는 방식이라 실제 효과는 질문자의 산출세액 규모에 따라 달라질 수 있습니다. 아내는 소득이 없어 기본공제대상자가 될 수 있더라도, 대학원 교육비는 제1호 단서로 제외되므로 질문자가 대신 내도 공제받지 못합니다. 아내가 나중에 직장에 다니며 근로소득이 생기면 아내 본인의 연말정산에서 제2호 나목에 따라 자기 등록금을 공제받을 수 있습니다. 회사가 앞으로 학비 일부를 지원해 주는 경우에는 계산이 달라집니다. 시행령 제118조의6 제2항 제3호는 근로자인 학생이 직장으로부터 받은 장학금등을 공제하지 않는 교육비로 들고 있으므로, 회사 지원분이 이에 해당하면 그 금액은 빼고 본인이 실제로 부담한 부분을 중심으로 따지게 됩니다. 또 소득세법 제59조의4 제6항에 따라 특별세액공제는 신청해야 적용되고, 같은 조 제9항 제1호는 근로소득자가 특별세액공제 등을 신청하지 않으면 연 13만원의 표준세액공제를 적용한다고 정합니다. 대학원 등록금이 큰 금액이라면 교육비 공제를 빠짐없이 신청하는 편이 유리합니다. 학교에서 장학금을 받아 등록금이 줄어든 학기가 있다면 그 장학금 부분은 빼고 계산해야 합니다. 학교에서 교육비 납입증명서를 발급받아 연말정산 때 회사에 제출하시고, 등록금 고지서와 납부 내역도 보관해 두시기 바랍니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.