난임시술비는 일반 의료비보다 높은 공제율이 적용됩니다. 일반 의료비는 100분의 15를 공제하지만 난임시술비는 100분의 30을 공제하고, 일반 의료비에 있는 연 700만 원 한도도 없습니다. 시술과 관련해 처방받은 의약품 구입비도 함께 포함됩니다. 소득세법 제59조의4 제2항은 근로소득이 있는 거주자가 기본공제대상자를 위해 지급한 의료비를 세액공제하면서, 제4호에서 대통령령으로 정하는 난임시술을 위해 지출한 비용을 따로 정하고 공제율을 100분의 30으로 합니다. 이 비용에는 난임시술과 관련해 처방받은 약사법상 의약품 구입비용이 포함됩니다. 소득세법 시행령 제118조의5 제6항은 난임시술을 모자보건법에 따른 보조생식술로 정하고, 모자보건법 제2조 제12호는 보조생식술을 임신을 목적으로 자연적인 생식과정에 인위적으로 개입하는 의료행위로서 보건복지부령으로 정하는 시술이라고 정합니다. 공제 순서도 난임시술비에 유리합니다. 제1호의 일반 의료비는 총급여액의 100분의 3을 넘는 금액부터 연 700만 원까지 공제합니다. 제4호 단서는 제1호부터 제3호까지의 의료비 합계액이 총급여액의 100분의 3에 못 미치는 경우에만 그 미달액을 난임시술비에서 빼도록 정합니다. 즉 총급여 3퍼센트 문턱은 다른 의료비로 먼저 채우고, 모자라는 부분만 난임시술비에서 뺍니다. 질문에 대입하면 총급여 4천만 원의 100분의 3은 120만 원입니다. 다른 의료비가 전혀 없다면 900만 원에서 120만 원을 뺀 780만 원에 100분의 30을 적용해 234만 원이 공제 계산액입니다. 다른 의료비가 120만 원 이상 있다면 난임시술비 900만 원 전체에 100분의 30이 적용됩니다. 참고로 질문자 본인을 위해 쓴 일반 진료비는 제1호가 아니라 제2호의 의료비여서 연 700만 원 한도 없이 100분의 15로 공제되고, 이 금액도 3퍼센트 문턱을 채우는 데 먼저 쓰입니다. 다만 실제로 줄어드는 세금에는 한계가 있습니다. 소득세법 제61조 제1항은 제59조의4 제1항부터 제3항까지의 세액공제액 등의 합계액이 근로소득에 대한 종합소득산출세액을 넘으면 그 넘는 금액은 없는 것으로 정합니다. 공제 계산액이 산출세액보다 크면 남는 부분은 돌려받을 수 없습니다. 공제는 해당 과세기간에 지급한 비용을 기준으로 하므로, 여러 해에 걸쳐 시술을 받았다면 각 해에 실제로 낸 금액을 그해 연말정산에 나누어 반영합니다. 받은 시술이 보조생식술에 해당하는지는 병원에서 발급하는 진료비 영수증과 세부 내역으로 확인할 수 있습니다. 지원금으로 충당된 부분은 본인이 직접 부담한 금액이 아니므로 빠지고, 시행령 제118조의5 제1항에 따라 실손의료보험금으로 받은 금액도 제외됩니다. 병원 진료비 영수증과 약제비 영수증을 보관하고, 연말정산 자료에 난임시술비로 구분되어 있는지 확인하세요. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.