인쇄물을 만들어 납품하는 개인사업자입니다. 매출이 늘면서 세무서로부터 전자세금계산서 의무발급 대상이라는 통지를 받았고 그 뒤로는 전자로 발급해 왔습니다. 그런데 얼마 전 거래처 담당자가 급하게 증빙이 필요하다고 해서 공급가액 500만 원짜리 납품 건을 그 자리에서 종이 세금계산서로 써 주었습니다. 이렇게 하면 불이익이 있는지, 거래처의 매입세액 공제에도 문제가 생기는지 궁금합니다.
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전자세금계산서 의무발급자가 발급시기에 전자 방식이 아닌 종이 세금계산서를 발급하면 공급가액의 1퍼센트가 가산세로 붙습니다. 공급가액 500만 원이면 5만 원입니다. 거래처는 필요적 기재사항이 제대로 적힌 세금계산서를 받은 것이라면 이 사정만으로 매입세액 공제가 막히지는 않습니다.
부가가치세법 제32조 제2항은 법인사업자와 대통령령으로 정하는 개인사업자가 세금계산서를 전자세금계산서로 발급하도록 정합니다. 같은 법 시행령 제68조 제1항은 그 개인사업자를 직전 연도 사업장별 공급가액(면세공급가액 포함) 합계액이 8천만원 이상인 개인사업자로 정하고, 그 뒤 8천만원 미만이 된 사업자도 포함합니다. 제2항은 8천만원 이상인 해의 다음 해 제2기 과세기간이 시작하는 날부터 의무가 생긴다고 정하고, 제3항은 세무서장이 그 1개월 전까지 통지하도록 합니다. 제4항은 그때까지 통지를 받지 못한 사업자는 통지서를 받은 날이 속하는 달의 다음 다음 달 1일부터 발급하도록 정하므로, 의무가 시작된 날짜를 통지서로 먼저 확인해 두면 좋습니다.
가산세는 법 제60조 제2항 제2호가 정합니다. 발급시기가 지난 후 확정신고 기한까지 세금계산서를 발급하지 않으면 공급가액의 2퍼센트이지만, 같은 호 가목은 전자세금계산서 발급 의무자가 전자세금계산서를 발급하지 않고 발급시기에 전자세금계산서 외의 세금계산서를 발급한 경우를 1퍼센트로 정합니다. 질문하신 분은 통지를 받아 의무 기간에 들어와 있고, 납품 때 종이로 발급했으므로 가목에 따라 500만 원의 1퍼센트인 5만 원이 됩니다. 같은 항 후단에 따라 이 가산세가 적용되는 부분에는 전송 관련 가산세인 제3호·제4호와 기재사항 관련 가산세인 제5호가 함께 적용되지 않습니다. 종이로라도 발급시기에 발급했기 때문에 1퍼센트로 줄어드는 것이고, 확정신고 기한까지 아무 세금계산서도 발급하지 않았다면 원칙대로 2퍼센트가 된다는 점이 다릅니다.
거래처의 공제는 법 제39조 제1항 제2호가 기준입니다. 세금계산서를 발급받지 않았거나 필요적 기재사항이 빠지거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액을 공제하지 않는다는 규정이므로, 등록번호, 공급가액과 세액, 작성 연월일이 바르게 적힌 종이 세금계산서라면 여기에 해당하지 않습니다.
신고 때도 챙길 것이 있습니다. 법 제54조 제2항은 전자세금계산서 발급명세를 기한 안에 전송한 경우에만 매출·매입처별 세금계산서합계표 제출을 생략할 수 있게 하므로, 종이로 발급한 건은 제1항에 따라 합계표에 적어 함께 내야 합니다. 앞으로는 급한 경우에도 시행령 제68조 제5항이 정한 국세청 발급 시스템 등으로 전자 발급하고, 같은 조 제7항에 따라 발급일 다음 날까지 전송하세요. 이미 발급한 종이 세금계산서는 사본을 거래 내역과 함께 보관해 두시기 바랍니다.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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