상가 신축 부지 정리 공사비 부가세, 건물 공사비처럼 매입세액 공제되나요?

상가 건물 신축 공사비의 부가가치세는 과세사업인 상가 임대에 쓰기 위한 것이므로 매입세액으로 공제받을 수 있습니다. 그러나 흙을 메우고 땅을 고르는 부지 조성 공사비의 부가가치세는 토지에 관련된 매입세액이어서 공제되지 않습니다. 같은 현장의 공사라도 건물과 토지를 나누어 보아야 합니다. 부가가치세법 제38조 제1항 제1호는 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액을 공제하는 매입세액으로 정합니다. 그러나 같은 법 제39조 제1항 제7호는 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액을 공제하지 않는다고 정합니다. 부가가치세법 시행령 제80조는 이를 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서, 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액(제1호)과 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액(제3호) 등으로 정합니다. 질문하신 경우 도로보다 낮은 땅에 흙을 메우고 평탄하게 고른 공사는 건물을 지을 부지를 조성하고 토지의 가치를 높이는 공사입니다. 따라서 그 세금계산서의 부가가치세는 시행령 제80조의 토지 관련 매입세액에 해당해 공제받지 못합니다. 반면 상가 건물 신축 공사비는 건물을 짓는 비용이므로 임대 과세사업을 위한 매입세액으로 공제 대상입니다. 이 매입세액은 제38조 제2항에 따라 공사 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제합니다. 건물 공사 세금계산서의 필요적 기재사항이 빠지거나 사실과 다르게 적히면 제39조 제1항 제2호에 따라 공제받지 못할 수 있으니, 받을 때마다 등록번호와 공급가액 등을 확인하세요. 주의할 점도 있습니다. 같은 법 제26조 제1항 제12호는 주택과 그 부수 토지의 임대 용역을 면세로 정하므로, 건물 일부를 주택으로 지어 임대한다면 그 부분 공사비의 부가가치세는 제39조 제1항 제7호의 면세사업등에 관련된 매입세액으로서 공제되지 않습니다. 또 제39조 제1항 제8호는 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액을 공제하지 않되, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청하면 그 과세기간 기산일까지 역산한 기간의 것은 공제합니다. 이미 등록을 해 두셨다면 이 점은 문제가 되지 않습니다. 다만 같은 항 제1호는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 않은 경우의 매입세액도 공제하지 않으므로, 공사 중이라 임대 매출이 없는 과세기간에도 신고 때 합계표를 빠짐없이 내야 합니다. 공사 업체가 부지 조성과 건물 공사를 한 계약으로 묶어 세금계산서를 한 장으로 발급하면 나누기 어려워집니다. 공사 내역서에서 토지 관련 공사와 건물 공사를 구분하고, 가능하면 세금계산서도 따로 받아 두시기 바랍니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.