세무조사 기간 연장, 조사 기간을 몇 번이고 계속 늘릴 수 있나요?

Q

작은 제조업체를 운영하는 개인사업자입니다. 연 매출은 20억 원 정도인데, 얼마 전 세무서에서 정기 세무조사를 시작하면서 조사 기간을 20일로 통지했습니다. 그런데 거래처 확인이 필요하다며 한 번 연장하더니, 최근 또 연장하겠다는 문서를 받았습니다. 세무조사 기간을 이렇게 몇 번이고 연장할 수 있는 건지, 연장에 정해진 한도나 절차가 있는지 알고 싶습니다.

A
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세무조사 기간은 법이 정한 사유가 있으면 연장할 수 있고, 연장 횟수 자체를 제한하는 규정은 없습니다. 다만 연간 수입금액이 100억원 미만인 납세자는 조사 기간을 20일 이내로 정해야 하고, 연장할 때마다 정해진 승인을 받아 한 번에 20일 이내로만 늘릴 수 있습니다. 연장할 때에는 그 사유와 기간을 문서로 알려야 합니다. 국세기본법 제81조의8 제1항은 세무조사 기간이 최소한이 되도록 하라고 하면서, 장부 제출을 지연·거부하는 등 조사를 기피하는 경우, 거래처 조사나 거래처·금융거래 현지확인이 필요한 경우, 세금탈루 혐의가 포착된 경우, 납세자가 해명을 위해 연장을 신청하고 납세자보호관 등이 인정한 경우 등 정해진 사유가 있을 때만 연장할 수 있게 합니다. 조사 과정에서 조세범칙조사를 개시하는 경우나 천재지변·노동쟁의로 조사가 중단되는 경우도 이 사유에 들어갑니다. 같은 조 제2항은 조사대상 과세기간 중 연간 수입금액이 가장 큰 해의 수입금액이 100억원 미만이면 조사 기간을 20일 이내로 정하도록 합니다. 제3항은 이 기간을 연장할 때 최초 연장은 관할 세무관서장의 승인을, 2회 이후 연장은 관할 상급 세무관서장의 승인을 받아 각각 20일 이내에서 연장할 수 있다고 정합니다. 질문자의 연 매출이 20억 원이라면 20일 기간 제한이 적용되는 납세자입니다. 첫 연장은 거래처 확인이라는 법정 사유에 해당할 수 있고, 두 번째 연장은 상급 세무관서장의 승인이 있어야 합니다. 연장 횟수가 늘어난다는 것만으로 위법이 되지는 않지만, 연장할 때마다 사유·승인·기간 요건을 각각 갖추어야 합니다. 연장 통지서에 적힌 사유가 제1항 각 호 중 어디에 해당하는지, 연장 기간이 20일을 넘지 않는지 확인하세요. 다만 제3항 단서는 무자료거래·위장거래 혐의, 명의위장·이중장부·차명계좌 등을 이용한 탈루 혐의, 범칙사건 조사 등의 경우에는 20일 기간 제한과 연장기간 제한을 받지 않는다고 정하므로, 통지서에 이런 사유가 적혀 있다면 20일 단위 제한이 적용되지 않습니다. 조사 중지와도 구별해야 합니다. 같은 조 제4항은 자료 제출 지연 등으로 조사를 진행하기 어려우면 조사를 중지할 수 있고, 그 중지기간은 조사기간에 넣지 않는다고 정합니다. 제5항에 따라 중지기간에는 장부 검사나 제출 요구를 할 수 없고, 제7항에 따라 연장과 중지·재개는 모두 문서로 통지해야 합니다. 제8항은 더 조사할 사항이 없으면 기간 전이라도 조사를 조기에 끝낼 수 있게 합니다. 받은 연장 통지서와 조사 일정 기록을 보관하세요. 요청받은 자료를 기한 안에 내야 조사 기피를 이유로 한 연장을 막을 수 있습니다. 연장 통지서에 사유와 기간이 적혀 있지 않다면 제7항이 정한 문서 통지를 제대로 받았는지 문의하시고, 연장 사유가 납득되지 않으면 그 근거를 서면으로 확인해 두시기 바랍니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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