사무용 가구를 납품하는 일반과세자입니다. 얼마 전 거래처에 책상 세트를 공급하고 전자세금계산서를 발급했는데, 실제 공급가액은 450만 원인데 직원이 숫자를 잘못 입력해 540만 원으로 발급되었습니다. 거래처에서 금액이 다르다고 연락이 와서 알게 되었습니다. 이미 발급한 세금계산서를 어떤 방식으로 고쳐서 다시 발급해야 하는지, 고치는 데 기한이 있는지 궁금합니다.
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처음 발급한 세금계산서와 같은 내용으로 음(陰)의 표시를 한 수정세금계산서를 발급해 처음 것을 없애고, 실제 공급가액 450만 원으로 바르게 작성한 세금계산서를 새로 발급하면 됩니다. 직원이 숫자를 잘못 입력한 것은 착오에 해당하므로 이 방식으로 고칠 수 있습니다.
부가가치세법 제32조 제7항은 세금계산서나 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적은 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서를 발급할 수 있다고 정합니다. 같은 법 시행령 제70조 제1항 제5호는 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우, 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 붉은색 글씨로 쓰거나 음의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급하도록 정합니다. 공급가액과 부가가치세액은 법 제32조 제1항 제3호가 정한 기재사항입니다.
질문하신 경우 공급가액 540만 원과 그 세액으로 된 처음 세금계산서를 그대로 음의 표시로 한 장 발급하고, 450만 원과 그 세액으로 된 세금계산서를 다시 한 장 발급합니다. 이렇게 두 장을 발급하면 처음 세금계산서는 음의 표시분과 합쳐져 없어지고, 바른 금액의 세금계산서만 남게 됩니다. 수정 발급은 세금계산서를 발급한 쪽인 질문자가 해야 하며, 거래처가 따로 고쳐 줄 수 있는 것이 아닙니다. 같은 법 제32조 제3항은 전자세금계산서를 발급하면 대통령령으로 정하는 기한까지 발급명세를 국세청장에게 전송하도록 정하므로, 처음 것을 전자로 발급했다면 수정분도 전자로 발급하고 전송까지 마치세요.
기한도 확인하세요. 제5호에는 따로 기한이 정해져 있지 않지만, 세무조사 통지를 받았거나 세무공무원이 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우, 과세자료 해명안내 통지를 받은 경우처럼 과세표준이나 세액의 경정을 미리 알고 있는 경우에는 이 방법을 쓸 수 없습니다. 착오가 아닌 다른 사유로 잘못 적힌 경우에는 제6호에 따라 공급일이 속하는 과세기간의 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내에 고쳐야 합니다. 제5호 라목은 이와 유사한 경우도 같은 예외로 정하고 있으므로, 세무서에서 연락이 오기 전에 스스로 고쳐 두는 것이 안전합니다. 알게 된 지금 바로 고치시기 바랍니다.
거래처 쪽 사정도 있습니다. 같은 법 제39조 제1항 제2호는 발급받은 세금계산서의 공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우 실제 공급가액과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 매입세액을 공제하지 않는다고 정합니다. 처음 세금계산서대로라면 거래처는 90만 원에 해당하는 세액을 공제받을 수 없게 됩니다. 거래처가 부가가치세 신고를 하기 전에 수정 발급을 마치고 그 사실을 알려 바른 금액으로 신고하도록 하세요. 수정 발급한 내역과 납품서, 실제 받은 대금 내역은 함께 보관해 두시기 바랍니다.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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