작은 인테리어 회사를 개인사업자로 운영하고 있는데, 최근 세무조사를 받고 있습니다. 조사 공무원이 거래에 관한 제보가 있어 확인이 필요하다며 장부와 영수증 묶음, 회계 자료가 든 외장 저장장치를 세무서로 가져가 보겠다고 합니다. 저는 그 자료가 없으면 당장 일을 하기 어렵습니다. 이 요구를 거절할 수 있는지, 가져가면 언제 돌려받을 수 있는지 알고 싶습니다.
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세무공무원은 원칙적으로 세무조사를 위해 납세자의 장부등을 세무관서에 임의로 보관할 수 없습니다. 법이 정한 사유가 있을 때에도 납세자 등이 스스로 제출하고 납세자가 동의한 장부등만 일시 보관할 수 있으므로, 동의하지 않으면 가져갈 수 없습니다. 보관에 동의했더라도 반환을 요청하면 정해진 기간 안에 돌려받을 수 있습니다.
국세기본법 제2조 제21호는 세무조사를 질문을 하거나 장부·서류 또는 그 밖의 물건, 즉 장부등을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 활동으로 정합니다. 같은 법 제81조의10 제1항은 세무공무원이 세무조사 목적으로 장부등을 세무관서에 임의로 보관할 수 없다고 정하고, 제2항은 제81조의6 제3항 각 호의 사유가 있는 경우에만 조사 목적에 필요한 최소한의 범위에서 정당한 권한이 있는 사람이 임의로 제출한 장부등을 납세자의 동의를 받아 일시 보관할 수 있다고 정합니다. 제81조의6 제3항에는 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우 등이 들어 있습니다. 제81조의10 제3항에 따라 이때 세무공무원은 일시 보관 동의서를 받고 일시 보관증을 내주어야 합니다.
국세기본법 시행령 제63조의11 제1항은 일시 보관 전에 보관 사유, 동의하지 않으면 보관할 수 없다는 점, 임의로 제출한 장부등만 보관할 수 있다는 점, 요청하면 반환받을 수 있다는 점을 알리도록 정합니다. 같은 조 제2항에 따라 조사목적이나 조사범위와 관련이 없는 장부등은 보관 대상에서 빼 달라고 요청할 수 있고, 세무공무원은 정당한 사유 없이 이를 보관할 수 없습니다.
질문하신 경우 제보를 이유로 한 조사라면 일시 보관 사유에는 해당할 수 있지만, 질문자께서 동의하지 않으면 보관할 수 없습니다. 동의하더라도 이번 조사와 관계없는 자료는 제외해 달라고 하시고, 보관증에 가져가는 자료의 목록이 정확히 적혔는지 확인하세요.
반환 시기는 제81조의10 제4항이 정합니다. 반환을 요청한 날부터 14일 이내에 돌려주어야 하고, 조사 목적상 필요하면 납세자보호위원회의 심의를 거쳐 한 차례만 14일 이내의 범위에서 보관 기간을 연장할 수 있습니다. 같은 조 제5항은 조사에 지장이 없다고 판단되면 즉시 반환하도록 정하며, 제6항에 따라 돌려줄 때 세무공무원은 사본을 보관할 수 있습니다. 시행령 제63조의11 제3항에 따라 늦어도 그 세무조사를 종결할 때까지는 모두 반환해야 합니다.
업무에 꼭 필요한 자료라면 그 사정을 설명하고 즉시 반환을 요청하시고, 넘기기 전에 사본을 만들어 두세요. 동의서를 쓰기 전에 보관 사유를 어떻게 고지받았는지도 기록해 두는 것이 좋습니다. 보관 기간 연장은 제81조의18 제2항 제5호에 따라 납세자보호위원회의 심의 사항이므로, 반환을 요청한 지 14일이 지나도 돌려받지 못하면 연장 심의를 거쳤는지 확인해 보세요.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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