면세 학원사업자 교구 판매 추가, 사업자등록 정정만 하면 되나요?

Q

초등학생 대상 보습학원을 교육청에 등록하고 면세사업자로 3년째 운영하고 있습니다. 최근 학원 입구 쪽 공간에 작은 매장을 꾸려 학습용 보드게임과 교구, 문구류를 수강생이 아닌 일반 손님에게도 팔기 시작했습니다. 이렇게 부가가치세가 붙는 물건을 팔게 되면 사업자등록을 새로 내야 하는지, 기존 등록을 고치기만 하면 되는지, 늦으면 어떤 불이익이 있는지 알고 싶습니다.

A
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소득세법에 따라 등록한 면세사업자가 과세사업을 추가로 하려는 경우에는 사업자등록을 새로 낼 필요 없이 사업자등록 정정신고서를 내면 부가가치세법상 등록 신청을 한 것으로 봅니다. 늦으면 미등록 가산세가 붙을 수 있으므로 판매를 시작한 날부터 20일 이내에 정정신고를 하시는 것이 안전합니다. 부가가치세법 제26조 제1항 제6호와 같은 법 시행령 제36조 제1항 제1호에 따라 주무관청에 등록된 학원에서 수강생에게 지식을 가르치는 교육 용역은 부가가치세가 면제됩니다. 그래서 학원만 운영할 때는 소득세법 제168조 제1항에 따라 사업자등록을 한 면세사업자였던 것입니다. 부가가치세법 시행령 제11조 제10항은 소득세법 제168조에 따라 등록한 자로서 면세사업을 경영하는 자가 추가로 과세사업을 경영하려는 경우, 제14조 제1항을 준용하여 사업자등록 정정신고서를 제출하면 등록신청을 한 것으로 본다고 정합니다. 보습학원은 시행령 제36조 제2항이 교육 용역에서 제외한 무도학원이나 자동차운전학원이 아니므로, 과세사업을 추가하더라도 학원 수업료의 면세에는 변화가 없습니다. 질문하신 보드게임, 교구, 문구류는 제26조 제1항이 정한 면세 재화에 들어 있지 않으므로 과세 대상입니다. 제26조 제2항은 면세되는 용역에 통상적으로 부수되는 재화의 공급을 면세에 포함하지만, 수업과 관계없이 일반 손님에게 따로 파는 물건은 교육 용역에 딸린 공급으로 보기 어렵습니다. 다만 문제집처럼 책 형태의 교재는 제26조 제1항 제8호가 정한 도서에 해당하면 면세될 수 있으니 품목별로 나눠 보셔야 합니다. 등록 기한도 중요합니다. 부가가치세법 제8조 제1항은 사업 개시일부터 20일 이내에 사업자등록을 신청하도록 하고, 제60조 제1항 제1호는 이 기한까지 등록을 신청하지 않으면 사업 개시일부터 등록을 신청한 날의 직전일까지의 공급가액 합계액의 1퍼센트를 가산세로 정합니다. 이미 판매를 시작하셨다면 지금이라도 바로 정정신고를 하셔야 가산세 대상 기간이 늘어나지 않습니다. 정정신고는 시행령 제14조 제2항에 따라 신고서에 사업자등록증을 첨부해 관할 세무서장이나 편의에 따라 선택한 세무서장에게 내며, 국세정보통신망으로도 할 수 있습니다. 같은 조 제3항 제2호에 따라 세무서장은 사업의 종류가 바뀐 경우 신고일부터 2일 이내에 정정한 등록증을 다시 발급합니다. 정정 뒤에는 소득세법 제168조 제2항에 따라 부가가치세법상 등록이 소득세법상 등록을 겸하므로 등록을 둘로 나눠 관리할 필요는 없습니다. 정정신고 뒤에는 학원 수업료는 면세로, 매장 판매분은 과세로 나눠 부가가치세를 신고해야 합니다. 제40조에 따라 임차료나 전기료처럼 두 사업에 함께 쓰는 비용의 매입세액은 실지귀속을 구분할 수 없으면 정해진 기준으로 나눠 계산합니다. 매장 매출과 학원 수입을 처음부터 통장과 장부에서 구분해 두세요. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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