평가방법을 기한 안에 신고하지 않았다면 세무서장은 선입선출법으로 재고자산을 평가합니다. 지금 신고하더라도 신고일이 속하는 과세기간분까지는 선입선출법이 적용되고, 그다음 과세기간부터 신고한 방법을 쓸 수 있습니다. 따라서 이번 과세기간 기말 재고에는 원하시는 저가법을 바로 적용할 수 없습니다. 소득세법 제39조 제3항은 자산을 평가해 장부가액을 바꿔도 원칙적으로 평가 전 가액으로 보지만, 재고자산은 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 가액을 장부가액으로 한다고 정합니다. 같은 법 시행령 제91조는 재고자산의 평가방법을 원가법과 저가법으로 정하고, 원가법은 개별법, 선입선출법, 후입선출법, 총평균법, 이동평균법, 매출가격환원법 중 하나로 합니다. 시행령 제92조 제1항은 저가법을 원가법 또는 재정경제부령으로 정하는 시가법에 따라 평가한 가액 중 낮은 가액을 과세기간 종료일 현재의 평가액으로 하는 방법으로 정합니다. 신고 기한도 정해져 있습니다. 시행령 제94조 제1항은 사업을 개시한 날이 속하는 과세기간의 과세표준 확정신고기한까지 평가방법을 신고하도록 하고, 제2항은 신고한 방법을 바꾸려면 변경할 방법을 적용받으려는 최초 과세기간의 종료일 이전 3개월이 되는 날까지 변경신고서를 내도록 합니다. 시행령 제95조 제1항은 기한 안에 신고하지 않은 경우 선입선출법으로 평가한다고 정하고, 제2항은 기한이 지난 뒤 신고하면 그 신고일이 속하는 과세기간분까지는 선입선출법을, 그 후의 과세기간분부터는 신고한 방법을 따른다고 정합니다. 질문자는 개업한 해의 확정신고기한까지 신고하지 않았으므로 지금까지의 재고는 선입선출법으로 평가됩니다. 선입선출법은 제92조 제2항 제2호에 따라 먼저 매입한 것부터 순서대로 출고된 것으로 보아 과세기간 종료일 현재의 재고를 평가하는 방법이므로, 남아 있는 재고는 나중에 산 물건의 매입가로 평가됩니다. 신고하지 않은 채 장부에만 저가법으로 계산해 넣더라도 제95조 제1항에 따라 세무서장은 선입선출법으로 평가합니다. 지금 저가법으로 신고하면 이번 과세기간까지는 선입선출법이, 다음 과세기간부터는 저가법이 적용됩니다. 제91조 제3항에 따라 제품과 상품, 원재료 등 종류별·사업장별로 다른 방법을 정할 수도 있습니다. 한 번 신고한 방법을 나중에 다시 바꾸려면 제94조 제2항의 변경신고 기한을 지켜야 하므로, 처음 신고할 때 어떤 방법이 맞는지 충분히 따져 보세요. 다만 파손이나 부패 등으로 정상가격에 팔 수 없는 재고자산은 소득세법 제39조 제4항 제1호에 따라 대통령령으로 정하는 방법으로 장부가액을 감액할 수 있으니, 그런 재고가 있다면 따로 확인하세요. 기말 재고 조사표와 품목별 매입 내역, 신고서 제출 기록을 보관하시기 바랍니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.