두 회사에서 각각 보수를 받으며 직장가입자로 가입되어 있다면, 보험료가 양쪽에서 따로 공제되는 것이 맞습니다. 같은 보수에 보험료를 두 번 매기는 것이 아니라, 회사마다 그 회사에서 받는 보수를 기준으로 보험료를 따로 계산하는 방식입니다. 국민건강보험법 제69조 제4항 제1호는 직장가입자의 보수월액보험료를 제70조에 따라 산정한 보수월액에 보험료율을 곱하여 얻은 금액으로 정합니다. 제70조 제1항은 보수월액을 직장가입자가 지급받는 보수를 기준으로 산정한다고 정합니다. 같은 법 시행령 제36조 제4항은 직장가입자가 둘 이상의 건강보험 적용 사업장에서 보수를 받고 있는 경우에는 각 사업장에서 받고 있는 보수를 기준으로 각각 보수월액을 결정한다고 정합니다. 누가 얼마를 부담하는지는 법 제76조 제1항이 정합니다. 근로자인 직장가입자의 보수월액보험료는 직장가입자와 사업주가 100분의 50씩 부담합니다. 제77조 제1항 제1호는 보수월액보험료를 사용자가 납부하도록 하고, 같은 조 제3항은 사용자가 직장가입자 부담분을 보수에서 공제하여 납부하고 공제액을 직장가입자에게 알리도록 정합니다. 질문하신 경우 두 회사가 각각 본인에게 보수를 지급하므로, 회사마다 그 회사에서 받는 보수로 보수월액이 따로 정해지고 그 보수월액에 보험료율을 곱한 보험료가 각각 부과됩니다. 오전 근무 회사의 보험료는 오전 근무로 받는 보수에만, 오후 근무 회사의 보험료는 오후 근무로 받는 보수에만 매겨집니다. 법 제69조 제2항은 보험료를 가입자의 자격을 취득한 날이 속하는 달의 다음 달부터 자격을 잃은 날의 전날이 속하는 달까지 징수하도록 정하고, 매월 1일에 자격을 취득하면 그 달부터 징수하도록 정합니다. 따라서 두 회사의 보험료는 각 회사에서 자격을 취득하고 잃은 시점에 따라 따로 시작하고 끝납니다. 그리고 각 회사는 그 보험료 중 본인 부담분인 절반만 급여에서 공제할 수 있고, 나머지 절반은 회사가 부담합니다. 확인할 점은 두 가지입니다. 첫째, 각 회사 급여 명세서의 건강보험료가 그 회사에서 받는 보수를 기준으로 계산되었는지, 공제액이 본인 부담분인 절반을 넘지 않는지 보세요. 둘째, 시행령 제34조 제1항에 따라 보험료는 우선 산정된 보수월액으로 부과된 뒤 다음 해에 확정되는 보수 총액으로 다시 산정해 정산되므로, 한쪽 회사의 보수가 바뀌면 그 회사분 정산이 따로 생길 수 있습니다. 또 시행령 제39조 제2항은 근로관계가 끝난 경우 사용자가 보험료를 다시 산정해 근로자와 정산하도록 정하므로, 한쪽 회사를 그만두면 그 회사에서 퇴사 정산이 이루어집니다. 공제 내역이 이상하면 각 회사에 계산 근거를 요청하고, 국민건강보험공단에서 회사별 자격과 보수월액을 확인해 보시기 바랍니다. 구체적인 사안은 노무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.