문제가 됩니다. 주식을 전부 가진 대표에게 회사 아파트를 무상으로 쓰게 하면 법인세법상 부당행위계산에 해당해 시가 임대료만큼이 법인 소득에 더해지고, 그 금액은 대표의 상여로 처분되어 근로소득세도 나옵니다. 회사가 내는 관리비와 수선비도 비용으로 인정되지 않습니다. 법인세법 제52조 제1항은 특수관계인과의 거래로 법인의 조세 부담을 부당하게 줄인 경우 그 계산과 관계없이 소득금액을 계산하도록 정하고, 제2항은 시가를 기준으로 삼습니다. 법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호는 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 임대료로 제공한 경우를 부당행위로 정하면서, 나목에서 주주등이 아닌 임원(소액주주등인 임원 포함)과 직원에게 사택을 제공하는 경우만 제외합니다. 같은 영 제50조 제1항 제2호는 소액주주등이 아닌 주주인 임원이나 그 친족이 쓰는 사택의 유지비·관리비·사용료를 손금에 넣지 않는다고 정하고, 같은 조 제2항은 소액주주등을 발행주식의 100분의 1에 못 미치게 가진 주주로 정합니다. 질문하신 경우 대표가 주식을 전부 가졌으므로 소액주주가 아니고, 사택 예외에 해당하지 않습니다. 무상 제공이면 시가와 거래가액의 차이가 시가 전액이므로 제88조 제3항이 정한 기준(차액 3억원 이상 또는 시가의 100분의 5 이상)도 넘습니다. 시가는 같은 영 제89조 제1항에 따라 비슷한 아파트를 제3자에게 빌려줄 때의 임대료로 정하고, 이를 알 수 없으면 같은 조 제4항 제1호에 따라 자산 시가의 100분의 50에서 받은 보증금을 뺀 금액에 정기예금이자율을 곱해 계산합니다. 이 금액은 같은 조 제5항에 따라 익금에 산입되고, 같은 영 제106조 제1항 제1호 나목에 따라 귀속자인 임원의 상여로 처분됩니다. 소득세법 제20조 제1항 제3호는 법인세법에 따라 상여로 처분된 금액을 근로소득으로 정합니다. 관리비와 수선비는 제50조 제1항 제2호에 따라 손금에서 빠집니다. 대안은 시가에 맞는 임대료를 실제로 회사에 내는 것입니다. 회사와 대표 사이에 임대차계약서를 쓰고, 비슷한 아파트의 시세 수준으로 보증금과 월세를 정해 대표 개인 통장에서 회사 통장으로 꼬박꼬박 보내면 제6호의 무상·저가 제공에는 해당하지 않습니다. 이때 회사가 받은 임대료는 회사의 수익이 됩니다. 다만 그 경우에도 대표가 사용하는 사택의 관리비 등을 회사가 내면 제50조 제1항 제2호의 손금불산입은 그대로이므로, 관리비는 대표가 직접 내는 구조가 깔끔합니다. 또 아파트가 같은 영 제49조 제1항 제1호의 업무에 직접 사용하지 않는 부동산으로 판정되면, 법인세법 제28조 제1항 제4호에 따라 차입금 이자 일부도 손금에서 빠질 수 있습니다. 매입 전에 계약 구조를 정리해 두시기 바랍니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.