지배주주인 임원이 정당한 사유 없이 같은 직위에 있는 다른 임원보다 많은 보수를 받으면, 그 초과금액은 법인의 손금, 곧 비용으로 인정되지 않습니다. 따라서 업무 내용이나 책임, 성과 등에서 더 많이 받을 정당한 사유를 설명하지 못하면 다른 사내이사 보수를 넘는 부분이 비용에서 빠질 수 있습니다. 법인세법 제26조 제1호는 인건비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액을 손금에 산입하지 않는다고 정합니다. 이에 따라 같은 법 시행령 제43조 제3항은 법인이 지배주주등(특수관계에 있는 자 포함)인 임원 또는 직원에게 정당한 사유 없이 동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원 또는 직원에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 손금에 산입하지 않는다고 정합니다. 같은 조 제7항은 지배주주등을 발행주식총수의 100분의 1 이상을 소유한 주주로서 특수관계에 있는 자와의 소유 주식 합계가 주주 중 가장 많은 경우의 그 주주로 정합니다. 제8항은 특수관계에 있는 자에 친족 등을 포함합니다. 따라서 본인 지분이 작더라도 배우자나 자녀 등 친족의 지분을 합쳐 가장 많은 주주라면 지배주주등이 될 수 있고, 그 친족 임원도 같은 규정의 적용을 받습니다. 질문하신 경우 지분 70%를 가진 질문자는 지배주주등에 해당하고, 지분이 없는 다른 두 사내이사는 지배주주등 외의 임원입니다. 모두 사내이사로 직위가 같으므로 동일직위 비교가 문제됩니다. 정당한 사유가 인정되지 않으면 질문자 보수 2억 원 가운데 다른 사내이사 보수 7천만 원을 넘는 1억 3천만 원은 손금에 들어가지 않습니다. 그만큼 법인의 비용이 줄어 법인세 부담이 커질 수 있습니다. 무엇이 정당한 사유인지는 시행령에 따로 정해져 있지 않으므로, 실제로 맡은 업무의 범위와 책임, 근무 시간, 회사 성과에 대한 기여를 객관적으로 보여 줄 자료가 중요합니다. 또 같은 조 제2항은 임원 상여금 중 정관·주주총회·사원총회 또는 이사회의 결의로 정한 급여지급기준을 넘어 지급한 금액을 손금에 넣지 않는다고 정합니다. 연봉에 상여금이 포함되어 있다면 그 지급 기준도 미리 갖춰 두어야 합니다. 또 제1항은 이익처분에 의하여 지급하는 상여금을 손금에 넣지 않으므로, 결산 뒤 이익을 나누는 방식으로 받는 돈은 보수와 구분해 생각해야 합니다. 동일직위 비교는 임원뿐 아니라 직원에게도 같은 방식으로 적용됩니다. 임원 보수를 정한 주주총회나 이사회 의사록, 임원별 담당 업무와 성과 자료, 근무 기록을 정리해 두세요. 보수 차이가 크다면 그 근거를 보수를 정할 때 함께 문서로 남겨 두는 것이 좋습니다. 정관이나 주주총회 결의로 임원 보수의 한도와 결정 절차를 정해 두었는지도 함께 점검하세요. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.