네, 추가로 내야 합니다. 법인이 주택을 팔면 일반 법인세와 별도로 '토지등 양도소득에 대한 법인세'를 더 내고, 그 세액은 주택 양도소득의 100분의 20입니다. 질문하신 경우 양도소득이 2억 원이라면 추가 세액은 4천만 원이 됩니다. 법인세법 제55조의2 제1항은 내국법인이 각 호의 토지, 건물, 주택 등을 양도한 경우 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여, 과세표준에 일반 세율을 적용해 계산한 법인세액에 추가하여 납부하도록 정합니다. 같은 항 제2호는 대통령령으로 정하는 주택(부수 토지 포함)과 별장을 양도한 경우 토지등의 양도소득에 100분의 20을 곱한 세액으로 정하고, 미등기 토지등은 100분의 40으로 정합니다. 읍·면 지역의 일정한 농어촌주택은 제외됩니다. 같은 항 제4호는 주택을 취득하기 위한 조합원입주권과 분양권을 양도한 경우에도 100분의 20을 적용하고, 같은 항 후단은 하나의 자산이 여러 호에 해당하면 그중 가장 높은 세액을 적용한다고 정합니다. 양도소득을 계산하는 방법은 같은 조 제6항이 정합니다. 토지등 양도소득은 토지등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액입니다. 한편 제4항은 파산선고에 따른 처분, 법률에 따른 환지 처분 등으로 생긴 소득에는 제1항을 적용하지 않는다고 정하지만, 미등기 토지등에는 이 제외를 적용하지 않습니다. 제5항은 미등기 토지등을 취득한 법인이 취득 등기를 하지 않고 양도하는 토지등으로 정하므로, 등기를 마친 아파트라면 100분의 40이 아니라 100분의 20이 적용됩니다. 질문하신 법인은 아파트를 사서 등기를 마치고 비워 두었다가 팔았으므로, 장부가액보다 높게 받은 2억 원이 토지등 양도소득이 되고 여기에 100분의 20을 곱한 4천만 원이 추가 세액입니다. 제1항이 이 세액을 일반 법인세액에 '추가하여' 내도록 정하고 있으므로, 같은 양도차익이 그 사업연도의 일반 법인세 계산에도 들어가고 그 위에 4천만 원이 더해지는 구조입니다. 다만 제2호의 '대통령령으로 정하는 주택'은 시행령이 일정 요건을 갖춘 임대주택이나 오래 제공한 사택 등을 빼는 방식으로 정하고 있으므로, 회사가 그 집을 어떻게 써 왔는지에 따라 해당 여부를 확인할 필요가 있습니다. 비워 둔 집이라면 이런 제외 대상에 들기는 어려울 것입니다. 이 추가 세액도 법인세이므로 법인세 신고 때 함께 신고합니다. 법인세법 제60조 제1항은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(성실신고확인서를 내는 경우 4개월) 이내에 과세표준과 세액을 신고하도록 정합니다. 양도금액에서 빼는 금액은 시가가 아니라 장부가액이므로, 취득 당시 계약서와 취득세 영수증, 수리비 등 장부에 반영된 내역을 미리 정리해 두시기 바랍니다. 같은 사업연도에 다른 부동산도 팔았다면 함께 계산해야 하니 결산 전에 확인하는 것이 좋습니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.