그렇습니다. 일반 법인이 주택을 보유하면 종합부동산세에서 개인과 같은 공제 금액이 없고, 2주택 이하라도 과세표준에 단일 세율 1천분의 27이 적용됩니다. 3주택 이상이면 1천분의 50입니다. 종합부동산세법 제7조 제1항은 과세기준일 현재 주택분 재산세의 납세의무자를 종합부동산세 납세의무자로 정하므로, 법인도 주택을 가지고 있으면 대상이 됩니다. 같은 법 제8조 제1항은 주택의 공시가격을 합산한 금액에서 일정 금액을 공제한 뒤 공정시장가액비율을 곱해 과세표준을 정하는데, 공제 금액은 1세대 1주택자 12억원, 그 밖의 경우 9억원이지만 제9조 제2항 제3호의 세율이 적용되는 법인 또는 법인으로 보는 단체는 0원입니다. 세율은 제9조 제2항이 정합니다. 납세의무자가 법인이면 공익법인등이나 공공주택사업자 등 같은 항 제1호·제2호에 해당하지 않는 한, 제3호에 따라 2주택 이하를 소유한 경우 1천분의 27, 3주택 이상을 소유한 경우 1천분의 50의 세율을 적용합니다. 개인의 2주택 이하 세율이 과세표준 3억원 이하 구간에서 1천분의 5부터 시작하는 누진 구조인 것과 비교하면 부담 차이가 큽니다. 질문하신 법인은 제조업 법인으로 2주택을 보유하고 있으므로, 두 주택의 공시가격 합계에서 공제 없이 공정시장가액비율을 곱한 과세표준에 1천분의 27을 곱해 세액을 계산합니다. 같은 조 제3항에 따라 해당 주택에 부과된 주택분 재산세는 종부세액에서 공제됩니다. 주택을 한 채 더 사서 3주택이 되면 세율은 1천분의 50으로 올라갑니다. 예를 들어 두 주택 공시가격 합계가 8억 원이라면, 개인은 9억원을 공제해 과세표준이 0이 되지만 이 법인은 8억 원에 공정시장가액비율을 곱한 금액 전부가 과세표준이 됩니다. 참고로 법인 중에서도 제9조 제2항 제1호·제2호에 해당하는 공익법인 등은 제8조 제1항 제3호에 따라 9억원 공제 대상입니다. 공정시장가액비율은 대통령령으로 정해지므로 실제 과세표준은 그 비율을 확인해 계산해야 하고, 보유 주택을 정리할지 판단할 때는 해마다 반복되는 세 부담을 기준으로 비교해 보시기 바랍니다. 합산에서 빠지는 주택도 있습니다. 제8조 제2항은 민간임대주택 등 대통령령으로 정하는 임대주택과, 종업원의 주거에 제공하기 위한 기숙사 및 사원용 주택 등 대통령령으로 정하는 주택을 과세표준 합산 대상에서 제외합니다. 제3항은 이런 주택을 가진 납세의무자가 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 보유현황을 신고하도록 정합니다. 비어 있는 주택을 직원 숙소 등으로 쓸 계획이 있다면 요건과 신고 기간을 먼저 확인하시고, 과세기준일 현재의 보유 상태로 판단하므로 처분이나 용도 변경 시점도 함께 검토하시기 바랍니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.