연말정산 환급금이 원천세보다 많을 때, 사업주가 세무서에 환급 신청할 수 있나요?

Q

직원 여섯 명을 둔 작은 제조업체를 운영하고 있습니다. 이번 연말정산을 해 보니 직원들에게 돌려줄 환급액이 모두 합쳐 300만 원 정도인데, 그달 급여에서 떼어 낼 원천징수세액은 80만 원 남짓이라 한 번에 정리하기가 빠듯합니다. 이렇게 환급액이 더 많을 때 사업주가 세무서에 직접 환급을 신청할 수 있는지, 아니면 몇 달에 걸쳐 나눠서 정리해야 하는지 궁금합니다.

A
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네, 신청할 수 있습니다. 연말정산 환급액이 그달 원천징수해 낼 세액보다 많으면 원칙적으로 다음 달 이후 낼 원천징수세액에서 차례로 빼서 정리하지만, 원천징수의무자인 사업주가 환급신청을 하면 원천징수 관할 세무서장이 그 초과액을 돌려줍니다. 두 방법 중 사정에 맞는 쪽을 고르시면 됩니다. 소득세법 제137조 제1항은 원천징수의무자가 다음 연도 2월분 근로소득이나 퇴직자의 퇴직하는 달 근로소득을 지급할 때 연말정산을 하도록 정합니다. 같은 조 제2항은 연말정산 결과 이미 원천징수한 세액과 각종 세액공제의 합계가 산출세액을 넘으면 원천징수의무자가 그 초과액을 근로소득자에게 환급하도록 정합니다. 소득세법 시행령 제201조 제1항은 이 환급액을 원천징수의무자가 원천징수해 납부할 소득세에서 조정하여 환급한다고 정하고, 제2항은 납부할 소득세가 없을 때의 환급 방법을 재정경제부령에 맡깁니다. 소득세법 시행규칙 제93조 제1항은 환급할 소득세가 연말정산하는 달에 원천징수해 낼 소득세를 넘으면 다음 달 이후 원천징수해 낼 소득세에서 조정하여 환급하되, 원천징수의무자의 환급신청이 있으면 원천징수 관할 세무서장이 그 초과액을 환급한다고 정합니다. 같은 조 제2항은 이때 원천징수세액환급신청서를 원천징수 관할 세무서장에게 내도록 정합니다. 국세기본법 제51조 제5항도 원천징수의무자가 즉시 환급을 요구하는 경우에는 즉시 환급한다고 정합니다. 질문하신 경우 돌려줄 300만 원 가운데 그달 원천세 80만 원으로 조정하는 부분을 뺀 220만 원 정도가 초과액입니다. 이 초과액은 다음 달 이후 원천세에서 몇 달에 걸쳐 빼 나가도 되고, 환급신청서를 내서 세무서에서 한 번에 돌려받아도 됩니다. 어느 방법을 고르든 직원에게 환급하는 주체는 원천징수의무자인 사업주라는 점은 같습니다. 다음 달 이후 원천세에서 빼 나가는 방법을 고른다면 국세기본법 제51조 제5항의 충당 규정도 참고할 만합니다. 이 항은 원천징수의무자가 환급받을 세액을 원천징수해 낼 세액에 충당하고 남은 금액을 환급하도록 하면서, 다른 세목의 원천징수세액에 충당하는 것은 원천징수이행상황신고서에 그 충당·조정 명세를 적어 신고한 경우에만 할 수 있다고 정합니다. 어느 달에 얼마를 조정했는지는 매달 원천징수이행상황신고서에 드러나므로, 조정 내역을 직원별로 따로 정리해 두면 나중에 맞춰 보기 쉽습니다. 시행규칙 제93조 제3항은 잘못 원천징수한 세액이 있는 경우에도 같은 방식을 준용합니다. 사업주가 환급신청을 한 뒤 폐업 등으로 행방불명이 되거나 부도 상태가 되면, 같은 조 제2항 단서에 따라 근로소득이 있는 직원이 원천징수 관할 세무서장에게 직접 그 환급액의 지급을 신청할 수 있습니다. 환급신청서를 내기 전에 직원별 연말정산 내역과 원천징수이행상황 신고 내용이 서로 맞는지 맞춰 보고, 관련 자료를 보관해 두시기 바랍니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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