통합투자세액공제는 농어촌특별세법이 말하는 감면에 해당하므로, 공제받은 세액의 100분의 20을 농어촌특별세로 냅니다. 법인세가 3천만 원 줄었다면 농어촌특별세는 600만 원입니다. 중소기업이라는 이유만으로 이 농어촌특별세가 비과세되지는 않습니다. 농어촌특별세법 제2조 제1항은 조세특례제한법 등에 따라 법인세 등이 부과되지 않거나 경감되는 경우로서 비과세·세액면제·세액감면·세액공제 또는 소득공제를 감면이라고 정합니다. 같은 법 제3조 제1호는 이런 감면을 받는 자를 납세의무자로 정하고, 제5조 제1항 제1호는 조세특례제한법 등에 따라 감면을 받는 법인세 등의 감면세액에 100분의 20의 세율을 적용한다고 정합니다. 통합투자세액공제는 조세특례제한법 제24조에 따른 세액공제이므로 이 감면에 들어갑니다. 같은 법 제2조 제2항 제1호는 이때의 본세를 감면을 받는 해당 법인세로 정합니다. 같은 법 제4조는 농어촌특별세를 부과하지 않는 경우를 열거합니다. 제3호는 조세특례제한법에 따른 중소기업에 대한 세액감면·특별세액감면을 들고, 제12호는 대통령령으로 정하는 감면을 듭니다. 농어촌특별세법 시행령 제4조 제7항 제1호가 조세특례제한법의 여러 조문을 비과세 대상으로 열거하지만, 통합투자세액공제를 정한 제24조는 그 목록에 없습니다. 질문하신 경우 통합투자세액공제로 줄어든 법인세 3천만 원이 감면세액이고, 그 100분의 20인 600만 원이 농어촌특별세입니다. 중소기업이라도 제4조 제3호의 비과세는 중소기업 세액감면·특별세액감면에 관한 것이어서 투자세액공제에는 적용되지 않습니다. 결국 3천만 원의 세금이 줄고 600만 원을 다시 내므로, 실제로 줄어든 부담은 2,400만 원이라고 보시면 됩니다. 기준은 신고서에서 실제로 공제된 세액이므로, 투자 금액에 공제율을 곱한 금액과 실제 공제액이 다르다면 실제 공제액으로 계산합니다. 납세의무자는 제3조 제1호에 따라 감면을 받은 법인 자신입니다. 만약 같은 3천만 원을 중소기업 특별세액감면으로 줄였다면 제4조 제3호에 따라 농어촌특별세가 붙지 않았을 것입니다. 같은 사업연도에 중소기업 특별세액감면처럼 비과세 대상인 감면을 함께 받았다면 그 부분에는 농어촌특별세가 붙지 않으므로, 신고서에서 감면 항목별로 나누어 확인해 보세요. 신고·납부는 같은 법 제7조 제1항이 정합니다. 해당 본세를 신고·납부(중간예납 제외)할 때 농어촌특별세도 함께 신고·납부해야 하고, 신고·납부할 본세가 없는 경우에도 본세의 신고·납부의 예에 따라 신고·납부해야 합니다. 법인세 신고서에 농어촌특별세가 따로 계산되어 나온 것은 이 때문입니다. 법인세와 같은 기한에 함께 내야 하므로 자금 계획에 반영해 두시고, 설비 취득 증빙과 세액공제 계산 명세를 보관해 두시기 바랍니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.