처음부터 조합원으로서 받은 입주권이라면 장기보유특별공제를 받을 수 있습니다. 다만 공제 대상은 관리처분계획인가 전에 생긴 양도차익뿐이고, 보유기간도 기존 아파트를 취득한 날부터 관리처분계획인가일까지만 셉니다. 인가 뒤 4년 동안 오른 부분에는 이 공제가 적용되지 않습니다. 소득세법 제95조 제2항은 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외)에도 장기보유 특별공제를 적용하되, 그 양도차익을 도시 및 주거환경정비법에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정하고 표 1의 보유기간별 공제율을 곱하도록 정합니다. 표 1은 보유기간 3년 이상 4년 미만 100분의 6에서 시작해 1년마다 100분의 2씩 늘어나고, 15년 이상이면 100분의 30입니다. 소득세법 시행령 제166조 제1항은 입주권 양도차익을 관리처분계획등인가후양도차익과 관리처분계획등인가전양도차익으로 나누어 계산하고, 같은 조 제5항 제1호는 인가전양도차익에서 장기보유특별공제를 할 때의 보유기간을 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획등 인가일까지의 기간으로 정합니다. 일반 자산의 보유기간은 제95조 제4항에 따라 취득일부터 양도일까지이지만, 입주권의 공제에는 이처럼 시행령이 따로 정한 기간을 씁니다. 질문자는 아파트를 산 지 15년이 지났지만 인가 뒤 4년이 지났으므로, 공제에 쓰는 보유기간은 취득일부터 인가일까지인 약 11년입니다. 이 경우 표 1의 11년 이상 12년 미만 구간인 100분의 22가 적용됩니다. 예를 들어 인가전양도차익이 3억 원, 인가후양도차익이 2억 원이라면 3억 원에 100분의 22를 곱한 6,600만 원만 공제되고 2억 원에는 공제가 없습니다. 인가전양도차익은 관리처분계획에서 정한 기존건물과 부수토지의 평가액에서 취득가액과 필요경비를 빼서 구하며, 시행령 제166조 제1항은 청산금을 냈는지 받았는지에 따라 계산식을 달리 정합니다. 만약 입주권을 다른 조합원에게서 사들인 것이라면 제95조 제2항 괄호에 따라 장기보유특별공제를 받을 수 없습니다. 비과세는 제89조 제1항 제4호가 정합니다. 관리처분계획 인가일 현재 1세대 1주택 요건을 갖춘 기존주택을 가진 세대가, 양도일 현재 다른 주택이 없거나 다른 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 입주권을 파는 등의 요건을 갖춰야 합니다. 이 요건과 다른 집의 취득 시기를 한 번 더 확인해 보세요. 공제율은 보유기간이 1년 늘 때마다 100분의 2씩 달라지므로, 등기사항증명서의 취득일과 관리처분계획 인가일을 정확히 확인하는 것이 중요합니다. 관리처분계획서의 권리가액, 처음 아파트를 살 때의 계약서, 청산금 납부 영수증을 보관해 두시기 바랍니다. 청산금을 냈거나 받은 경우에는 계산이 달라지므로 관리처분계획서의 평가액과 청산금 내역부터 확인하세요. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.