공장 건물 수용 보상금, 사업용 건물이 넘어가도 부가가치세를 내나요?

공익사업을 위한 수용절차에서 공장 건물이 수용되고 그 대가로 보상금을 받는 것은 부가가치세법상 재화의 공급으로 보지 않습니다. 따라서 건물 부분에 대해 부가가치세를 거래징수하거나 세금계산서를 발급할 대상이 아닙니다. 다만 보상금이 다른 세금에서 어떻게 다뤄지는지는 따로 확인하셔야 합니다. 부가가치세법 제9조 제1항은 재화의 공급을 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 정합니다. 부가가치세법 시행령 제18조 제1항 제4호는 경매, 수용, 현물출자 등에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것을 재화 공급의 범위에 넣습니다. 그런데 같은 조 제3항 제3호는 제1항 제4호에도 불구하고 「도시 및 주거환경정비법」, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 등에 따른 수용절차에서 수용대상 재화의 소유자가 수용된 재화에 대한 대가를 받는 경우를 재화의 공급으로 보지 않는다고 정합니다. 같은 항은 국세징수법에 따른 공매나 민사집행법에 따른 경매로 재화를 넘기는 경우도 재화의 공급으로 보지 않는다고 함께 정하고 있습니다. 즉 수용은 원래 재화 공급의 한 원인으로 열거되어 있지만, 공익사업 수용절차에서 소유자가 대가를 받는 경우만 따로 떼어 공급에서 빼는 구조입니다. 질문하신 공장 건물이 공익사업 수용절차에 따라 수용되고 그 대가로 보상금을 받는 것이라면 바로 이 제3항 제3호에 해당합니다. 사업용 건물이라는 점은 결론을 바꾸지 않습니다. 제3항 제3호는 수용대상 재화의 용도를 가리지 않고 소유자가 수용된 재화의 대가를 받는 경우를 정하고 있기 때문입니다. 부지는 부가가치세법 제26조 제1항 제14호에 따라 원래 토지의 공급이 면세 대상이기도 합니다. 그러므로 보상금 8억 원 가운데 건물분에 대해 부가가치세를 따로 신고하거나 세금계산서를 발급할 일은 생기지 않습니다. 사업을 계속하신다니 해당하지 않을 수 있지만, 수용을 계기로 사업을 접게 되면 사정이 달라집니다. 같은 법 제10조 제6항은 사업자가 폐업할 때 매입세액을 공제받은 재화 등 남아 있는 재화를 자기에게 공급하는 것으로 봅니다. 기계나 재고처럼 수용되지 않고 남는 재화가 있다면 폐업 시 이 규정을 검토하셔야 합니다. 반대로 다른 곳에서 사업을 계속하신다면 사업장 소재지가 바뀌므로 같은 법 제8조 제8항에 따라 등록사항이 변경된 것으로 보고 지체 없이 사업장 관할 세무서장에게 신고하셔야 합니다. 또 개인이 보유한 토지와 건물이 넘어가면서 받는 대가는 소득세법 제94조 제1항 제1호의 양도소득과 관련되므로, 양도소득세는 부가가치세와 별도로 확인하셔야 합니다. 사업시행자의 보상 안내문, 협의·재결 서류, 보상금 내역을 수용절차가 끝난 뒤에도 보관해 두세요. 보상 관련 서류에 부가가치세 문구가 들어 있다면 이 규정에 맞게 정리되어 있는지도 확인하세요. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.