중소기업의 일반 연구·인력개발비는 해당 과세연도에 쓴 금액의 100분의 25를 공제하는 방식과, 직전 과세연도보다 늘어난 금액의 100분의 50을 공제하는 방식 중 하나를 골라 법인세에서 뺍니다. 질문하신 숫자라면 이번에 쓴 1억 원 기준 공제액 2,500만 원이 늘어난 3천만 원 기준 1,500만 원보다 큽니다. 조세특례제한법 제10조 제1항은 내국인의 연구개발과 인력개발 비용 중 대통령령으로 정하는 비용이 있으면 일정 금액을 법인세에서 공제한다고 정합니다. 개인사업자라면 사업소득에 대한 소득세에서 같은 구조로 공제합니다. 같은 항 제3호는 신성장·원천기술이나 국가전략기술에 해당하지 않는 일반연구·인력개발비에 대해 가목과 나목 중 선택하게 합니다. 가목은 직전 과세연도보다 늘어난 금액의 100분의 25(중소기업은 100분의 50)이고, 나목은 해당 과세연도 발생액에 중소기업이면 100분의 25를 곱한 금액입니다. 다만 해당 과세연도 개시일부터 거슬러 4년간 일반연구·인력개발비가 없었거나 직전 과세연도 금액이 그 4년간 연평균보다 적으면 나목만 적용됩니다. 직전 과세연도 금액과 4년간 연평균 발생액의 계산은 제2항에 따라 대통령령으로 정합니다. 공제 대상 비용은 같은 법 시행령 제9조 제1항이 별표 6의 비용으로 정하고, 국가 등으로부터 출연금을 받아 지출한 금액은 제외합니다. 연구원 인건비 1억 원이 이 별표의 비용에 해당한다면 나목으로 2,500만 원, 가목으로는 늘어난 3천만 원의 100분의 50인 1,500만 원이므로 나목을 고르는 편이 유리합니다. 최근 4년간 계속 연구비를 써 왔고 직전 7천만 원이 그 연평균 이상이라면 가목도 고를 수 있지만, 이번에는 어차피 나목이 더 크므로 결론은 같습니다. 연구 주제가 신성장·원천기술이나 국가전략기술에 해당하면 같은 항 제1호·제2호의 더 높은 공제율을 법이 정한 적용기한까지 선택할 수 있는데, 이때는 제4항에 따라 비용을 구분경리해야 합니다. 중소기업 기준으로 신성장·원천기술은 100분의 30에, 국가전략기술은 100분의 40에 수입금액 대비 해당 연구개발비 비중에 대통령령으로 정하는 배수를 곱한 비율(최대 100분의 10)을 더합니다. 공제를 받으려면 제10조 제3항에 따라 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 해야 합니다. 또 제6항은 자체 연구개발비가 연구소·전담부서 인정 취소 사유 등 대통령령으로 정하는 사유로 연구개발비에 해당하지 않게 되면 대통령령으로 정하는 날 이후 비용에는 공제를 적용하지 않도록 정하므로 인정 상태를 유지해야 합니다. 실제로 줄어드는 법인세는 다른 공제·감면과의 관계에 따라 달라질 수 있습니다. 연구원별 급여대장, 연구노트, 과제별 비용 내역을 보관하고 법인세 신고 때 공제신청서를 함께 제출하세요. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.