본사와 공장이 서로 다른 지방자치단체에 있으면 법인지방소득세는 사업장마다 그 소재지가 납세지가 됩니다. 법인 전체의 법인지방소득세를 대통령령이 정한 안분율에 따라 나누어 서울과 공장 소재지의 지방자치단체장에게 각각 신고·납부해야 하고, 안분율은 종업원 수와 건축물 연면적을 기준으로 계산합니다. 지방세법 제89조 제1항 제2호는 법인지방소득세의 납세지를 사업연도 종료일 현재의 법인세법상 납세지로 하되, 둘 이상의 지방자치단체에 사업장이 있으면 각각의 사업장 소재지를 납세지로 한다고 정합니다. 같은 조 제2항은 이 경우 대통령령으로 정하는 기준에 따라 법인지방소득세를 안분하여 각 소재지 지방자치단체장에게 신고납부하도록 합니다. 지방세법 시행령 제88조 제1항은 그 기준을 계산식에 따른 안분율로 정하고, 같은 조 제2항은 계산에 쓰는 종업원 수와 건축물 연면적을 각 사업연도 종료일 현재 기준으로 따진다고 정합니다. 종업원 수는 지방세법 제74조 제8호의 종업원, 곧 사업소에 근무하거나 사업소로부터 급여를 받는 임직원 등을 말하고, 건축물 연면적은 사업장으로 직접 사용하는 건축물의 연면적입니다. 연면적을 정하기 곤란한 저장창고·저장조 같은 일부 시설물은 수평투영면적을 연면적으로 보고, 한 건축물이 두 지역에 걸쳐 있으면 지역별 연면적 비율로 나눕니다. 시행령 제88조 제4항은 같은 특별시·광역시 안의 둘 이상의 구에 사업장이 있으면 그 시에 낼 세액을 본점 소재지 구청장에게 일괄 신고·납부하도록 합니다. 질문하신 법인은 서울 본사와 충청도 군 지역 공장이 서로 다른 지방자치단체에 있으므로 두 곳이 각각 납세지가 됩니다. 사업연도 종료일 현재 본사와 공장 각각의 종업원 수와 사업장으로 쓰는 건축물 연면적을 정리해 계산식에 넣으면 지역별 안분율이 나오고, 그 비율로 나눈 세액을 각 지방자치단체에 신고·납부합니다. 다만 직원 급여에서 떼는 근로소득분 지방소득세는 이와 별개로, 지방세법 제89조 제3항 제1호에 따라 근로자의 근무지를 관할하는 지방자치단체가 부과합니다. 서류도 챙기세요. 지방세법 제103조의23 제2항 제3호는 둘 이상의 지역에 사업장이 있는 법인에 법인지방소득세 안분명세서를 첨부하도록 하고, 같은 조 제7항은 제2항 제1호부터 제3호까지의 서류를 첨부하지 않으면 신고로 보지 않는다고 정합니다. 같은 조 제6항에 따라 첨부서류는 본점 소재지 지방자치단체장에게 내면 다른 사업장 소재지에도 낸 것으로 봅니다. 같은 조 제4항은 납부할 세액이 100만 원을 넘으면 일부를 납부기한이 지난 후 1개월(중소기업은 2개월) 이내에 나누어 낼 수 있게 합니다. 사업연도 말 기준 인원과 면적 자료를 미리 정리해 두시기 바랍니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.