세무조사 범위 확대, 부가세 한 기간만 조사한다더니 다른 세목도 보나요?

Q

작은 도소매업을 하는 개인사업자입니다. 얼마 전 부가가치세 한 과세기간만 조사한다는 세무조사 통지를 받고 조사를 받고 있습니다. 그런데 조사 중에 담당 공무원이 앞뒤 과세기간과 종합소득세까지 함께 살펴보겠다고 합니다. 처음 통지받은 범위를 넘어 이렇게 조사를 넓혀도 되는 건지, 넓힐 때 따로 알려 줘야 하는 절차가 있는지 궁금합니다.

A
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세무공무원은 원칙적으로 조사 진행 중에 세무조사의 범위를 넓힐 수 없습니다. 다른 과세기간이나 세목에 대한 구체적인 세금탈루 증거자료가 확인된 경우 등 법령이 정한 경우에만 넓힐 수 있고, 넓힐 때는 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지해야 합니다. 처음 통지받은 범위 밖을 조사하려면 이 요건과 절차를 모두 갖춰야 합니다. 국세기본법 제81조의9 제1항은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 조사진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 없다고 정합니다. 같은 조 제2항은 범위를 확대하는 경우 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지하도록 정합니다. 같은 법 시행령 제63조의10은 그 경우를 두 가지로 정합니다. 제1호는 다른 과세기간·세목 또는 항목에 대한 구체적인 세금탈루 증거자료가 확인되어 그에 대한 조사가 필요한 경우입니다. 제2호는 조사대상 과세기간의 특정 항목에 명백한 세금탈루 혐의나 세법 적용의 착오 등이 있고 그 항목이 다른 과세기간에도 있어 같은 혐의가 의심되는 경우로, 이때는 다른 과세기간의 그 항목에 대한 조사로 한정됩니다. 질문하신 경우 앞뒤 과세기간과 종합소득세까지 보려면 제1호나 제2호 중 하나에 해당해야 합니다. 특히 종합소득세처럼 다른 세목으로 넓히는 것은 제2호가 아니라 제1호의 구체적인 증거자료가 확인된 경우에 해당해야 하므로, 어떤 증거자료가 확인되었다는 것인지 통지 사유에 드러나는지 살펴보세요. 앞뒤 과세기간을 보려는 이유가 같은 항목의 유사한 문제라면 제2호에 따라 그 항목으로 범위가 정해져야 합니다. 말로만 범위를 넓히겠다고 했다면 제81조의9 제2항에 따른 문서 통지를 요청하고, 통지서에 적힌 사유와 범위를 확인하세요. 통지서에 적힌 범위를 벗어나는 자료 요청을 받으면 어느 범위에 해당하는 요청인지 확인한 뒤 응하는 것이 좋고, 그 과정은 날짜와 내용을 메모해 두세요. 범위가 넓어지면서 조사 기간이 늘어날 수도 있습니다. 제81조의8 제2항은 조사대상 과세기간 중 연간 수입금액이 가장 큰 과세기간의 수입금액이 100억 원 미만인 납세자의 조사 기간을 20일 이내로 정하고, 제3항은 이를 연장할 때 처음에는 관할 세무관서의 장, 2회부터는 관할 상급 세무관서의 장의 승인을 받아 각각 20일 이내에서 연장하도록 정합니다. 다만 같은 항 단서의 경우에는 이 제한을 받지 않습니다. 제7항은 조사 기간을 연장할 때 그 사유와 기간을 문서로 통지하도록 정합니다. 절차에 의문이 있으면 제81조의16 제2항에 따라 세무서에 두는 납세자 권리보호 담당관에게 도움을 요청할 수 있습니다. 받은 통지서와 제출한 자료 목록을 날짜별로 보관하시기 바랍니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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