조세불복 이의신청 재조사 결정, 세무서는 언제까지 다시 조사하고 또 불복하나요?

재조사 결정은 청구를 바로 받아들이거나 기각한 것이 아니라, 사실관계를 더 확인하도록 세무서에 다시 조사를 맡긴 결정입니다. 세무서는 재조사 결정일부터 60일 이내에 결정서 주문에 적힌 범위에서 조사하고 그 결과에 따라 처분해야 합니다. 그 결과에 대해 다시 이의신청은 할 수 없고, 심사청구나 심판청구로 다투게 됩니다. 국세기본법 제65조 제1항은 결정을 세 가지로 나눕니다. 청구기간이 지났거나 적법하지 않은 청구는 각하하고(제1호), 이유가 없으면 기각하며(제2호), 이유가 있으면 처분을 취소·경정하거나 필요한 처분을 하는 결정을 합니다(제3호). 같은 항 제3호 단서는 청구가 이유 있다고 인정되지만 취소·경정 등을 하기 위해 사실관계 확인 등 추가 조사가 필요한 경우, 처분청이 재조사하여 그 결과에 따라 처분하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있다고 정합니다. 제66조 제6항은 이의신청에 이 조항과 제65조 제5항부터 제7항까지를 준용합니다. 제65조 제5항은 처분청이 재조사 결정일부터 60일 이내에 결정서 주문에 기재된 범위에 한정하여 조사하고 처분하도록 하되, 조사를 연기하거나 기간을 연장하거나 중지할 수 있다고 정합니다. 제6항은 재조사 결과 청구인의 주장과 확인한 사실관계가 다른 경우 등에는 당초 처분을 취소·경정하지 않을 수 있다고 정합니다. 국세기본법 시행령 제52조의3 제1항은 처분청이 처분결과나 당초 처분을 유지한 사실을 지체 없이 서면으로 통지하도록 하고, 제2항은 당초 처분을 유지할 수 있는 경우를 주장과 확인한 사실관계가 달라 유지할 필요가 있는 경우와 주장에 대한 사실관계를 확인할 수 없는 경우로 정합니다. 불복 방법은 국세기본법 제55조 제6항이 정합니다. 이의신청에 대한 재조사 결정에 따른 처분청의 처분에 대해서는 이의신청을 할 수 없습니다. 제61조 제2항 제2호는 이의신청 재조사 결정 후 처분기간 안에 처분 결과 통지를 받지 못한 경우 그 처분기간이 지난 날부터 90일 이내에 심사청구를 할 수 있다고 정하고, 제68조 제2항은 심판청구에도 이를 준용합니다. 같은 처분에 심사청구와 심판청구를 함께 낼 수는 없습니다. 질문하신 재조사 결정은 청구가 이유 있다고 인정될 때 하는 제3호의 단서에 따른 것이어서 단순한 기각과는 다릅니다. 다만 최종 결론이 난 것은 아니므로, 세무서가 확인할 사항을 조사해 그 결과에 따라 고지 세액을 줄이거나 그대로 둘 수 있습니다. 결과 통지가 오면 내용을 보고 다음 단계를 정하면 됩니다. 재조사에서 주장을 뒷받침할 사실이 확인되지 않으면 당초 처분이 유지될 수 있으므로 증빙을 빠짐없이 내세요. 결과 통지를 받은 날짜를 기록하고, 청구기간이 90일로 짧으니 바로 다음 단계를 준비하시기 바랍니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.