제조업을 하는 모회사가 몇 년 전 세운 자회사의 주식을 100% 갖고 있습니다. 모회사는 매년 이익이 나는데 자회사는 아직 적자가 계속되고 있습니다. 두 회사의 이익과 손실을 합쳐서 법인세를 내는 제도가 있다고 들었는데, 저희도 할 수 있는지, 신청은 언제 어디에 해야 하는지 알고 싶습니다.
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가능합니다. 다른 내국법인의 주식을 100분의 90 이상 보유해 연결지배하는 내국법인은 관할지방국세청장의 승인을 받아 연결납세방식을 적용할 수 있습니다. 승인을 받으면 각 회사의 소득과 결손금을 합해 법인세를 계산하므로 자회사의 적자가 모회사의 이익과 합쳐집니다.
법인세법 제2조 제10호의2는 연결지배를 내국법인이 다른 내국법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 90 이상을 보유하고 있는 경우로 정합니다. 제76조의8 제1항은 연결지배하는 내국법인과 그 다른 내국법인이 모법인 납세지 관할지방국세청장의 승인을 받아 연결납세방식을 적용할 수 있고, 연결가능자법인이 둘 이상이면 모두 적용해야 한다고 정합니다. 비영리법인이나 청산 중인 법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외됩니다. 같은 조 제2항은 각 연결법인의 사업연도를 연결사업연도와 일치시키도록 합니다. 제76조의14 제1항은 각 연결사업연도의 소득을 연결법인별로 계산한 소득 또는 결손금을 합한 금액으로 정합니다.
같은 법 시행령 제120조의13 제1항은 최초의 연결사업연도 개시일부터 10일 이내에 연결납세방식 적용 신청서를 모법인 납세지 관할세무서장을 경유해 관할지방국세청장에게 제출하도록 합니다. 같은 조 제2항은 이때 연결사업연도를 함께 신고하도록 하고, 제3항은 관할지방국세청장이 최초 연결사업연도 개시일부터 2개월이 되는 날까지 승인 여부를 서면으로 통지하되, 그때까지 통지하지 않으면 승인한 것으로 본다고 정합니다.
질문하신 경우 모회사가 자회사 주식을 100% 보유하므로 연결지배 요건을 갖춥니다. 두 회사의 사업연도가 다르다면 연결사업연도에 맞춰야 합니다. 신청 기한은 연결을 시작하려는 사업연도의 개시일부터 10일 이내이므로, 그 기한이 이미 지났다면 다음 사업연도를 목표로 준비해야 합니다. 승인을 받으면 제76조의8 제4항에 따라 연결법인의 납세지는 연결모법인의 납세지가 됩니다.
합산할 때는 단순히 두 회사의 손익을 더하기만 하지 않습니다. 제76조의14 제1항은 연결법인별 소득을 계산한 뒤 연결 조정항목을 제거하고, 연결법인 사이의 수입배당금, 기업업무추진비, 대손충당금, 일정한 자산의 양도손익 같은 거래손익을 조정한 다음 합하도록 정합니다. 모회사와 자회사 사이에 거래가 많다면 이 조정까지 반영해 효과를 미리 계산해 보세요.
한번 시작하면 쉽게 그만둘 수 없습니다. 제76조의10 제1항은 연결납세방식을 최초로 적용받은 연결사업연도와 그 다음 연결사업연도 개시일부터 4년 이내에 끝나는 연결사업연도까지는 포기할 수 없다고 정합니다. 자회사가 흑자로 돌아선 뒤에도 유지해야 하므로 몇 년의 손익 전망을 보고 결정하세요. 또 제76조의9 제1항은 연결모법인이 연결지배하지 않는 내국법인에 연결납세방식을 적용하는 경우 등에는 승인을 취소할 수 있다고 정하므로, 자회사 지분을 줄일 계획이 있다면 미리 확인해야 합니다.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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