친구 두 명과 합자회사를 세워 몇 년째 운영하고 있습니다. 회사 이익에 법인세를 내고 다시 배당을 받으면 세금이 두 번 걸리는 것 같아, 회사는 법인세를 내지 않고 이익을 동업자들에게 나눠 각자 세금을 내는 방식이 있다고 들었습니다. 합자회사도 이 방식을 선택할 수 있는지, 언제까지 어떻게 신청해야 하는지, 나중에 마음이 바뀌면 그만둘 수 있는지 알고 싶습니다.
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네, 합자회사도 동업기업 과세특례를 신청할 수 있습니다. 적용받으면 회사에는 법인세를 부과하지 않고, 회사 소득을 동업자들에게 손익배분비율에 따라 배분해 각자 소득세나 법인세를 냅니다. 다만 적용받으려는 과세연도가 시작되기 전에 동업자 전원의 동의를 받아 신청해야 하고, 운영 중인 법인이 전환하는 것이므로 준청산소득에 대한 법인세를 따로 내야 합니다.
조세특례제한법 제100조의15 제1항 제3호는 상법에 따른 합명회사 및 합자회사(투자합자회사 중 일부 제외)를 대상 단체로 정하고, 제100조의17 제1항에 따라 신청한 경우에 특례를 적용합니다. 제100조의16 제1항은 동업기업에 소득세나 법인세를 부과하지 않는다고 정하고, 제2항은 동업자가 제100조의18에 따라 배분받은 소득에 대해 납부의무를 진다고 정합니다. 제100조의18 제1항은 각 과세연도의 종료일에 동업자 간의 손익배분비율에 따라 배분하도록 하고, 같은 법 시행령 제100조의17 제1항은 그 비율을 서면으로 약정한 단일 비율로 하되 없으면 출자지분의 비율에 따르도록 합니다.
신청 시기는 같은 법 시행령 제100조의16 제1항이 정합니다. 적용받으려는 최초 과세연도의 개시일 이전에 동업자 전원의 동의서와 적용신청서를 관할 세무서장에게 내야 합니다. 새로 설립하는 기업이 설립 과세연도부터 적용받는 경우에만 그 과세연도 개시일부터 1개월 이내에 낼 수 있습니다. 질문하신 회사는 이미 운영 중이므로 적용받으려는 과세연도가 시작되기 전까지 신청해야 합니다.
이미 법인세를 내던 내국법인이 특례를 적용받으면 조세특례제한법 제100조의16 제3항에 따라 동업기업 전환법인으로서 해산에 의한 청산소득에 준해 계산한 준청산소득에 대한 법인세를 내야 합니다. 같은 조 제4항은 특례 적용 최초 사업연도의 직전 사업연도 종료일 이후 3개월이 되는 날까지 신고하도록 하고, 제5항은 그 세액을 신고기한부터 3년 동안 균분한 금액 이상 내도록 정합니다.
제100조의15 제4항은 특례를 적용받는 동업기업과 동업자에게는 각 세법의 규정에 우선하여 이 절의 규정을 적용한다고 정합니다. 마음이 바뀌어도 바로 그만둘 수는 없습니다. 제100조의17 제2항은 최초로 적용받은 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지는 포기할 수 없다고 정합니다. 배분에도 제한이 있습니다. 제100조의18 제1항 단서는 경영에 참여하지 않고 출자만 하는 동업자로서 대통령령으로 정하는 수동적동업자에게는 결손금을 배분하지 않는다고 정하고, 같은 조 제2항은 각 동업자에게 배분되는 결손금을 그 동업자의 지분가액을 한도로 정합니다. 동업자 전원의 동의서가 필요하므로 모든 동업자의 뜻을 먼저 모으고, 신청 전에 준청산소득 규모와 동업자별 배분 결과를 미리 계산해 보세요.
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※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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