비영리 사단법인 예금 이자, 원천징수됐으면 법인세 신고를 안 해도 되나요?

Q

장학 사업을 하는 사단법인의 회계를 맡고 있습니다. 법인은 따로 수익사업을 하지 않고, 회원들이 모은 기금을 은행 정기예금에 넣어 이자만 받고 있습니다. 은행이 이자를 줄 때 세금을 떼고 주는데, 이 이자 때문에 법인세 신고를 따로 해야 하는지, 신고하지 않아도 된다면 나중에 문제가 생기지는 않는지 알고 싶습니다.

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비영리내국법인은 원천징수된 이자소득에 대해 법인세 과세표준 신고를 하지 않을 수 있습니다. 신고하지 않은 이자소득은 각 사업연도의 소득금액에 포함하지 않으므로, 은행이 이자를 줄 때 뗀 세금으로 과세가 마무리됩니다. 다만 한 번 신고하지 않은 이자는 나중에 수정신고 등으로 다시 과세표준에 넣을 수 없습니다. 법인세법 제4조 제1항 단서는 비영리내국법인에 과세되는 소득을 각 사업연도의 소득과 토지등 양도소득으로 한정하고, 같은 조 제3항은 비영리내국법인의 각 사업연도 소득을 수익사업에서 생기는 소득으로 한정하면서, 제2호에서 소득세법에 따른 이자소득을 수익사업에 포함합니다. 같은 법 제60조 제1항은 납세의무가 있는 내국법인이 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 과세표준과 세액을 신고하도록 정합니다. 제62조 제1항은 비영리내국법인이 원천징수된 이자소득(비영업대금의 이익은 제외하고 투자신탁의 이익은 포함)에 대해서는 제60조 제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 않을 수 있고, 신고하지 않은 이자소득은 각 사업연도 소득금액을 계산할 때 포함하지 않는다고 정합니다. 같은 법 시행령 제99조 제1항은 원천징수된 이자소득 중 일부에 대해서도 신고하지 않을 수 있다고 정하고, 제2항은 신고하지 않은 이자소득을 수정신고, 기한 후 신고 또는 경정으로 과세표준에 포함시킬 수 없다고 정합니다. 질문하신 경우 은행 정기예금 이자는 원천징수된 이자소득이므로 제62조 제1항의 특례를 적용할 수 있습니다. 이 이자 때문에 법인세 과세표준 신고를 할 필요는 없고, 신고하지 않으면 원천징수로 끝납니다. 반대로 이자를 신고에 포함하는 것도 가능합니다. 예금이 여러 개라면 시행령 제99조 제1항에 따라 일부 예금의 이자만 신고에 넣고 나머지는 원천징수로 끝내는 방식도 가능합니다. 다만 신고하지 않기로 한 이자는 나중에 되돌릴 수 없으므로 처음 결정할 때 신중해야 합니다. 개인에게 돈을 빌려주고 받는 이자처럼 비영업대금의 이익에 해당하는 이자는 이 특례에서 빠지고, 원천징수되지 않은 이자도 특례 대상이 아닙니다. 이자를 신고에 포함하기로 하는 경우에도, 같은 법 제60조 제5항 단서에 따라 수익사업을 하지 않는 비영리내국법인은 재무상태표나 세무조정계산서를 첨부하지 않았다는 이유만으로 신고가 없는 것으로 되지는 않습니다. 이자 외에 다른 수익사업 수입이나 자산 처분 수입이 생기면 그 부분은 별도로 신고 여부를 따져야 하고, 신고기한은 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월입니다. 신고하지 않기로 한 이자가 어느 예금에서 나온 것인지 목록으로 정리해 두면 나중에 확인하기 쉽습니다. 은행에서 받은 원천징수영수증과 예금 거래 내역, 이사회 결의 등 기금 관리 기록을 보관해 두시기 바랍니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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