학술 연구를 하는 비영리 사단법인입니다. 법인은 수익사업을 하지 않고, 설립 초기에 사 둔 토지를 아무 용도로도 쓰지 않은 채 오래 가지고 있다가 최근 팔았습니다. 법인이니 일반 법인세로 신고해야 한다고 들었는데, 비영리법인은 개인의 양도소득세처럼 계산해 낼 수도 있다고 하더군요. 어느 쪽으로 신고할 수 있는지, 언제까지 신고해야 하는지 알고 싶습니다.
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수익사업을 하지 않는 비영리내국법인은 토지를 팔아 생긴 소득을 법인세 과세표준 신고에서 빼고, 소득세법의 양도소득 계산 방식과 세율로 계산한 금액을 법인세로 낼 수 있습니다. 이 방식을 택하면 개인의 양도소득세처럼 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 예정신고와 자진납부를 해야 합니다. 일반적인 법인세 신고 방식을 택하는 것도 가능합니다.
법인세법 제4조 제3항은 비영리내국법인의 각 사업연도 소득을 수익사업에서 생기는 소득으로 한정하고, 제5호에서 유형자산 처분으로 인한 수입을 들되 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외합니다. 같은 법 제62조의2 제1항은 수익사업을 하는 비영리내국법인을 제외한 비영리내국법인이 토지 또는 건물 등의 양도로 생긴 소득에 대해 제60조 제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 않을 수 있고, 이 경우 그 소득은 각 사업연도 소득금액에 포함하지 않는다고 정합니다. 제2항은 그 소득에 대해 소득세법의 양도소득 과세표준 계산 규정을 준용해 계산한 과세표준에 소득세법의 양도소득세율을 적용한 금액을 법인세로 납부하도록 정합니다. 제7항은 소득세법의 예정신고 규정을 준용해 예정신고와 자진납부를 하도록 정하고, 소득세법 제105조 제1항 제1호는 토지 등을 양도한 경우 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월을 기한으로 정합니다.
질문하신 법인은 수익사업을 하지 않으므로 이 특례를 쓸 수 있는 법인에 해당합니다. 고유목적사업에 직접 사용한 자산이었다면 과세 대상 수입에서 빠지는지부터 따져야 하지만, 토지를 아무 용도로도 쓰지 않았다고 하셨으므로 처분 수입이 수익사업 수입에 들어가는 것을 전제로 보면 됩니다. 같은 법 시행령 제99조의2 제2항은 이 특례를 양도일이 속하는 사업연도 단위로 적용한다고 정하고, 제5항은 예정신고와 자진납부를 한 뒤에도 일반 법인세 과세표준 신고를 할 수 있으며 이때 예정신고납부세액을 납부할 세액에서 뺀다고 정합니다. 법 제62조의2 제8항은 예정신고를 하면 원칙적으로 법인세 과세표준 신고를 한 것으로 본다고 정합니다. 계산은 같은 조 제3항에 따라 양도가액에서 필요경비를 빼 양도차익을 구한 뒤 소득세법이 정한 공제를 적용하는 순서로 합니다. 소득세법 제105조 제3항은 양도차익이 없거나 손실이 난 경우에도 예정신고를 하도록 정합니다.
예정신고 기한은 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월이므로, 이 방식을 택할지 일반 법인세 신고로 처리할지를 그 전에 정해 두세요. 두 방식의 세액은 법인의 다른 손익과 토지 보유 상황에 따라 달라질 수 있으므로 미리 비교해 보세요. 취득 당시 계약서와 대금 지급 내역, 매매계약서, 이사회 결의서를 보관해 두시기 바랍니다.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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