법인세를 추계로 결정하면 그 사업연도에는 이월결손금 공제가 적용되지 않습니다. 천재지변 등으로 장부가 멸실되어 추계하는 경우만 예외입니다. 장부를 갖추지 않은 데 따른 가산세도 따로 붙을 수 있습니다. 법인세법 제66조 제3항은 법인세의 결정·경정을 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하도록 하면서, 대통령령으로 정하는 사유로 장부 등에 의해 소득금액을 계산할 수 없으면 추계할 수 있다고 정합니다. 같은 법 시행령 제104조 제1항은 그 사유로 필요한 장부 또는 증명서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우, 기장 내용이 시설규모·종업원수 등에 비추어 허위임이 명백한 경우, 원자재사용량·전력사용량 등 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우를 정합니다. 법인세법 제68조는 제66조 제3항 단서에 따라 추계하는 경우 제13조 제1항 제1호를 적용하지 않는다고 정합니다. 제13조 제1항 제1호는 각 사업연도 개시일 전 15년 이내에 발생하고 신고나 결정·경정 등으로 과세표준에 포함된 이월결손금을 공제하는 규정입니다. 추계가 아닌 해라면 같은 항 단서에 따라 각 사업연도 소득의 100분의 80, 중소기업 등은 100분의 100을 한도로 이 결손금을 공제받습니다. 제68조는 외국자회사 수입배당금의 익금불산입과 외국 납부 세액공제 규정도 함께 적용하지 않는다고 정합니다. 다만 같은 조 단서는 천재지변 등으로 장부나 증명서류가 멸실되어 추계하는 경우에는 그러하지 않다고 정합니다. 질문하신 경우 앞선 사업연도에 신고한 결손금은 제13조 제1항 제1호의 요건을 갖춘 이월결손금일 수 있습니다. 그러나 이번 사업연도가 추계로 결정되면 그 해 과세표준을 계산할 때 이 결손금을 뺄 수 없습니다. 경리 담당자가 그만둬 장부를 갖추지 못한 사정은 천재지변 등으로 장부가 멸실된 경우와는 다르므로, 단서에 해당한다고 보기는 어렵습니다. 가산세도 확인하세요. 제112조는 법인이 장부를 갖추어 두고 복식부기 방식으로 기장하며 증명서류를 비치·보존하도록 정합니다. 제75조의3 제1항은 이 의무를 이행하지 않으면 산출세액의 100분의 20과 수입금액의 1만분의 7 중 큰 금액을 가산세로 더하도록 하고, 제2항은 산출세액이 없어도 적용한다고 정합니다. 결정 전에 통장 거래내역, 세금계산서, 카드 사용 내역처럼 남아 있는 자료로 장부를 다시 만들 수 있는지 서둘러 검토해 보세요. 장부로 소득을 계산할 수 있게 되면 추계 사유 자체가 달라질 수 있습니다. 또 제60조 제3항은 소득금액이 없거나 결손금이 있는 법인도 신고하도록 정하므로, 앞으로 결손이 나는 해에도 장부를 갖춰 기한 안에 신고해 두면 그 결손금이 신고한 과세표준에 포함되어 이후 공제 요건을 갖추기 쉽습니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.