제가 지분 60%를 가진 주식회사의 대표이사입니다. 최근 제 사촌형이 지분 대부분을 가지고 직접 운영하는 회사와 원자재 거래를 시작했습니다. 친척 회사와 거래하면 세무상 부당행위계산 문제가 생길 수 있다고 들었는데, 사촌형 회사도 저희 회사의 특수관계인에 해당하는지 궁금합니다.
특수관계인에 해당합니다. 사촌형은 대표님의 친족이고, 그 친족이 지분 대부분을 가진 회사는 법인세법 시행령이 정한 특수관계 법인이 됩니다. 따라서 두 회사 사이의 거래가 시가와 다르게 이루어지면 부당행위계산부인 규정이 적용될 수 있습니다. 특수관계인이라는 사실만으로 세금이 더 붙는 것은 아니고, 거래 가격이 시가와 어긋나 조세 부담이 부당하게 줄었을 때 문제가 됩니다.
법인세법 제2조 제12호는 특수관계인을 법인과 경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자로 정하고, 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 봅니다. 법인세법 시행령 제2조 제8항 제2호는 소액주주등이 아닌 주주와 그 친족을 특수관계인으로 정합니다. 친족은 국세기본법 시행령 제1조의2 제1항에 따른 자로서, 4촌 이내의 혈족이 포함됩니다.
회사와의 관계는 법인세법 시행령 제2조 제8항 제4호가 정합니다. 해당 법인이 직접 또는 제1호부터 제3호까지의 관계에 있는 자를 통해 어느 법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사하면 그 법인이 특수관계인입니다. 국세기본법 시행령 제1조의2 제4항 제1호는 영리법인의 경우 발행주식총수의 100분의 30 이상을 출자하거나 경영에 사실상 영향력을 행사하면 지배적인 영향력이 있는 것으로 봅니다.
질문하신 경우 대표님은 지분 60%를 가진 주주이므로 소액주주등이 아닌 주주이고, 사촌형은 4촌 혈족이므로 친족입니다. 사촌형은 회사의 특수관계인이 됩니다. 사촌형이 그 회사 지분 대부분을 가지고 있으므로 100분의 30 이상 출자 요건을 충족하고, 그 회사는 제4호에 따른 특수관계 법인이 됩니다.
사촌형과의 관계는 다른 호로도 이어질 수 있습니다. 법인세법 시행령 제2조 제8항 제1호는 임원의 임면권 행사나 사업방침 결정 등 법인의 경영에 사실상 영향력을 행사하는 자와 그 친족을 특수관계인으로 정합니다. 대표이사로서 경영을 이끄신다면 이 호로도 사촌형이 친족으로 연결됩니다. 또 법인세법 제2조 제12호가 본인도 특수관계인의 특수관계인으로 본다고 정하고 있어서, 사촌형 회사 입장에서도 대표님 회사는 특수관계인입니다. 그래서 두 회사 모두 서로의 거래를 같은 기준으로 살펴야 합니다.
법인세법 제52조 제1항과 제2항은 특수관계인과의 거래로 법인의 조세 부담을 부당하게 감소시킨 경우 시가를 기준으로 소득금액을 다시 계산한다고 정합니다. 원자재를 시가보다 비싸게 사거나 싸게 파는 일이 없도록 거래 가격의 근거를 남겨 두세요. 다른 거래처에 받는 견적서나 시장 가격 자료가 도움이 됩니다. 거래 조건이 바뀔 때마다 그 이유도 기록해 두세요. 같은 조 제3항에 따라 특수관계인과의 거래 명세서를 제출해야 하는 경우도 있으니 신고 때 함께 챙기세요.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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